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- PDB-2sga: ELECTRON DENSITY CALCULATIONS AS AN EXTENSION OF PROTEIN STRUCTUR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sga
タイトルELECTRON DENSITY CALCULATIONS AS AN EXTENSION OF PROTEIN STRUCTURE REFINEMENT. STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素PROTEINASE A
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEINASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


streptogrisin A / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者James, M.N.G. / Sielecki, A.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Electron density calculations as an extension of protein structure refinement. Streptomyces griseus protease A at 1.5 A resolution.
著者: Moult, J. / Sussman, F. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structures of Product and Inhibitor Complexes of Streptomyces Griseus Protease a at 1.8 Angstroms Resolution. A Model for Serine Protease Catalysis
著者: James, M.N.G. / Sielecki, A.R. / Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / Bauer, C.-A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Protein Structure Refinement. Streptomyces Griseus Serine Protease a at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Sielecki, A.R. / Hendrickson, W.A. / Broughton, C.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structure of the Complex Formed between the Bacterial-Produced Inhibitor Chymostatin and the Serine Enzyme Streptomyces Griseus Protease A
著者: Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979
タイトル: Crystallographic and Kinetic Investigations of the Covalent Complex Formed by a Specific Tetrapeptide Aldehyde and the Serine Protease from Streptomyces Griseus
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Bauer, C.-A. / Thompson, R.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease a at 2.8 Angstroms Resolution. II. Molecular Conformation, Comparison with Alpha-Chymotrypsin and Active-Site Geometry
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease a at 2.8 Angstroms Resolution. I. Crystallization, Data Collection and Structural Analysis
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G.
#7: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1978
タイトル: Amino Acid Sequence Alignment of Bacterial and Mammalian Pancreatic Serine Proteases Based on Topological Equivalences
著者: James, M.N.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Tertiary Structural Differences between Microbial Serine Proteases and Pancreatic Serine Enzymes
著者: Delbaere, L.T.J. / Hutcheon, W.L.B. / James, M.N.G. / Thiessen, W.E.
履歴
登録1983年1月21日処理サイト: BNL
置き換え1983年4月21日ID: 1SGA
改定 1.01983年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEINASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0171
ポリマ－18,0171
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.120, 55.120, 54.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Atom site foot note1: THE SIDE CHAIN OF ARG 221 IS VERY DISORDERED. COORDINATES FOR THE ATOMS BEYOND CB HAVE BEEN OMITTED.
2: RESIDUE 99A IS A CIS-PROLINE.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-250-

HOH

21A-268-

HOH

31A-343-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEINASE A


分子量: 18016.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00776
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.1 / 手法: equilibrium dialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 %(w/v)protein1reservoir
21.3 M1reservoirNaH2PO4

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.5→12 Å / Rfactor Rwork: 0.126
詳細: THE WATER MOLECULES HAVE BEEN NUMBERED TO REFLECT THEIR ACCURACY, WITH HOH 1 BEING THE MOST ACCURATE. SOLVENT 1, ALTHOUGH REFINED AS WATER (OXYGEN ATOM), HAS BEEN INTERPRETED AS A NA+ ION. ...詳細: THE WATER MOLECULES HAVE BEEN NUMBERED TO REFLECT THEIR ACCURACY, WITH HOH 1 BEING THE MOST ACCURATE. SOLVENT 1, ALTHOUGH REFINED AS WATER (OXYGEN ATOM), HAS BEEN INTERPRETED AS A NA+ ION. SEE REFERENCE 3 ABOVE FOR FURTHER DETAILS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1259 0 0 220 1479
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 19594 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.121
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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