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万見
- PDB-2rvn: Solution structure of the chromodomain of HP1a with the phosphory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rvn
タイトルSolution structure of the chromodomain of HP1a with the phosphorylated N-terminal tail complexed with H3K9me3 peptide
要素
  • 18-mer peptide of Histone H3
  • Chromobox protein homolog 5
キーワードTRANSCRIPTION/PEPTIDE / chromodomain / hp1alpha / TRANSCRIPTION-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of DNA recombination at telomere / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / PRC2 methylates histones and DNA / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / chromocenter / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...Inhibition of DNA recombination at telomere / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / PRC2 methylates histones and DNA / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / chromocenter / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of centromere complex assembly / Estrogen-dependent gene expression / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / histone H3K9me2/3 reader activity / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / oogenesis / nucleus organization / histone methyltransferase complex / spermatid development / site of DNA damage / histone deacetylase complex / chromosome, centromeric region / : / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / transcription repressor complex / embryo implantation / histone reader activity / PML body / kinetochore / multicellular organism growth / histone deacetylase binding / male gonad development / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromosome / positive regulation of cell growth / protein-macromolecule adaptor activity / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Chromobox protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kawaguchi, A. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Extended string-like binding of the phosphorylated HP1 alpha N-terminal tail to the lysine 9-methylated histone H3 tail
著者: Shimojo, H. / Kawaguchi, A. / Oda, T. / Hashiguchi, N. / Omori, S. / Moritsugu, K. / Kidera, A. / Hiragami-Hamada, K. / Nakayama, J. / Sato, M. / Nishimura, Y.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 5
B: 18-mer peptide of Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1942
ポリマ－12,1942
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 5 / Heterochromatin protein 1 homolog alpha / HP1 alpha


分子量: 10169.046 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: For phosphorylation of Ser the expression with pRSFduet (CK2)
遺伝子: Cbx5, Hp1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61686
#2: タンパク質・ペプチド 18-mer peptide of Histone H3


分子量: 2025.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P84244*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1412D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H NOESY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D HN(CO)CA
11113D HBHA(CO)NH
11223D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11423D 1H-13C NOESY aliphatic
11523D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate-1, 10 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium chloride-2, 5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DTT-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] potassium phosphate-4, 10 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] sodium chloride-5, 5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DTT-6, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMpotassium phosphate-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium chloride-2[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5 mMDTT-3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium chloride-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
5 mMDTT-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
OliviaYokochi, M., Sekiguchi, S. and Inagaki, F.chemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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