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万見
- PDB-2rtx: Solution structure of the GGQ domain of YaeJ protein from Escheri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rtx
タイトルSolution structure of the GGQ domain of YaeJ protein from Escherichia coli
要素Peptidyl-tRNA hydrolase YaeJ
キーワードHYDROLASE / GGC domain
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor activity / peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / rescue of stalled ribosome / regulation of translation / ribosome binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor class I superfamily / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Peptide chain release factor class I / RF-1 domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase ArfB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / restrained energy minimization
Model detailsclosest to the average, model5
データ登録者Nameki, N. / Enomoto, M. / Kogure, H. / Tochio, N. / Guntert, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Identification of residues required for stalled-ribosome rescue in the codon-independent release factor YaeJ
著者: Kogure, H. / Handa, Y. / Nagata, M. / Kanai, N. / Guntert, P. / Kubota, K. / Nameki, N.
履歴
登録2013年9月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase YaeJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4731
ポリマ－13,4731
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase YaeJ / PTH / Alternative ribosome-rescue factor B


分子量: 13473.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yaeJ, b0191, JW0187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40711, peptidyl-tRNA hydrolase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-13C; U-15N]GGQ domain-1, 20mM [U-2H]TRIS-2, 100mM NaCl-3, 1mM [U-2H]DTT-4, 0.02% NaN3-5, 10% [U-2H]H2O-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMGGQ domain-1[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS-2[U-2H]1
100 mMNaCl-31
1 mMDTT-4[U-2H]1
0.02 %NaN3-51
10 %H2O-6[U-2H]1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.93Guntert et al.構造決定
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
OPALp1.4Koradi, Guntert, Billeter精密化
KUJIRAKobayashi, N.データ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: restrained energy minimization / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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