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万見
- PDB-2rq5: Solution structure of the AT-rich interaction domain (ARID) of Ju... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rq5
タイトルSolution structure of the AT-rich interaction domain (ARID) of Jumonji/JARID2
要素Protein Jumonji
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN / Developmental protein / Nucleus / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to pericentric heterochromatin / PRC2 methylates histones and DNA / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / random inactivation of X chromosome / ubiquitin-modified histone reader activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / facultative heterochromatin formation / ESC/E(Z) complex / transcription factor binding / histone methyltransferase complex ...protein localization to pericentric heterochromatin / PRC2 methylates histones and DNA / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / random inactivation of X chromosome / ubiquitin-modified histone reader activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / facultative heterochromatin formation / ESC/E(Z) complex / transcription factor binding / histone methyltransferase complex / spleen development / thymus development / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell differentiation / ubiquitin binding / liver development / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / gene expression / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
ARID DNA-binding domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain ...ARID DNA-binding domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kusunoki, H. / Kohno, T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Solution structure of the AT-rich interaction domain of Jumonji/JARID2
著者: Kusunoki, H. / Takeuchi, T. / Kohno, T.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINE METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Jumonji


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9791
ポリマ－13,9791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein Jumonji / Jumonji/ARID domain-containing protein 2


分子量: 13979.377 Da / 分子数: 1 / 断片: ARID domain, UNP residues 615-730 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Jmj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62315

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D HNHA
1513D HNHB
1622D 1H-13C HSQC
1742D 1H-13C HSQC
1823D HNCO
1923D HCACO
11023D HN(CO)CA
11123D HNCA
11223D CBCA(CO)NH
11323D HN(CA)CB
11423D C(CO)NH
11523D H(CCO)NH
11623D HBHA(CO)NH
11723D (H)CCH-TOCSY
11833D (H)CCH-TOCSY
11923D 1H-13C NOESY
12033D 1H-13C NOESY
12122D (HB)CB(CGCD)HD
12222D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.25-1.6 mM [U-15N] Jmj-ARID(615-730)-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.25-1.6 mM [U-13C; U-15N] Jmj-ARID(615-730)-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.25-1.6 mM [U-13C; U-15N] Jmj-ARID(615-730)-3, 100% D2O100% D2O
40.25-1.6 mM [U-10% 13C; U-15N] Jmj-ARID(615-730)-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMJmj-ARID(615-730)-1[U-15N]0.25-1.61
mMJmj-ARID(615-730)-2[U-13C; U-15N]0.25-1.62
mMJmj-ARID(615-730)-3[U-13C; U-15N]0.25-1.63
mMJmj-ARID(615-730)-4[U-10% 13C; U-15N]0.25-1.64
試料状態イオン強度: 90 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichcollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
PIPPGarrettデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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