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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rpt | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the CC mismatch from the thymidylate synthase binding site 1 hairpin and analysis of its interaction with paromomycin | ||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / NMR spectroscopy / RNA structure / paromomycin / aminoglycoside-RNA interaction | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS | データ登録者 | Tavares, T.J. / Johnson, P.E. | 引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2009 | タイトル: Structure of the cytosine-cytosine mismatch in the thymidylate synthase mRNA binding site and analysis of its interaction with the aminoglycoside paromomycin 著者: Tavares, T.J. / Beribisky, A.V. / Johnson, P.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rpt.cif.gz | 126.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rpt.ent.gz | 105.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rpt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rpt_validation.pdf.gz | 327.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2rpt_full_validation.pdf.gz | 370 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2rpt_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rpt_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rpt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6450.943 Da / 分子数: 1 / 断片: thymidylate synthase binding site 1 mRNA hairpin / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IN-VITRO TRANSCRIPTION USING T7 RNA POLYMERASE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NA other-angle constraints total count: 55 / NA sugar pucker constraints total count: 20 / NOE constraints total: 260 / NOE intraresidue total count: 108 / NOE medium range total count: 43 / NOE sequential total count: 109 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1 |