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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rps | ||||||
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タイトル | Solution structure of a novel insect chemokine isolated from integument | ||||||
要素 | Chemokine | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | Chemokine 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudaletia separata (アワヨトウ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Kamiya, M. / Nakatogawa, S. / Oda, Y. / Kamijima, T. / Aizawa, T. / Demura, M. / Hayakawa, Y. / Kawano, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2009 タイトル: A novel peptide mediates aggregation and migration of hemocytes from an insect 著者: Nakatogawa, S. / Oda, Y. / Kamiya, M. / Kamijima, T. / Aizawa, T. / Clark, K.D. / Demura, M. / Kawano, K. / Strand, M.R. / Hayakawa, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rps.cif.gz | 190.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rps.ent.gz | 163.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rps_validation.pdf.gz | 344.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2rps_full_validation.pdf.gz | 464.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2rps_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rps_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rps | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3545.007 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-52 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudaletia separata (アワヨトウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7XBA7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 5.1 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |