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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rph | ||||||||||||||||||
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タイトル | RecT-bound ssDNA | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / ssDNA / RecT / RecA | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Masuda, T. / Ito, Y. / Shibata, T. / Mikawa, T. | 引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009 | タイトル: A non-canonical DNA structure enables homologous recombination in various genetic systems 著者: Masuda, T. / Ito, Y. / Terada, T. / Shibata, T. / Mikawa, T. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rph.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rph.ent.gz | 17.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rph_validation.pdf.gz | 375.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2rph_full_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2rph_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rph_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rp/2rph | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H-1H NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM DNA, 100% D2O / 溶媒系: 100% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: DNA |
試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1 |