[日本語] English
万見
- PDB-2rpc: Solution structure of the tandem zf-C2H2 domains from the human z... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rpc
タイトルSolution structure of the tandem zf-C2H2 domains from the human zinc finger protein ZIC 3
要素Zinc finger protein ZIC 3
キーワードTRANSCRIPTION / zf-C2H2 / Zinc finger protein of the cerebellum 3 / ZIC3 / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system segmentation / determination of left/right asymmetry in nervous system / determination of pancreatic left/right asymmetry / determination of digestive tract left/right asymmetry / atrial cardiac muscle tissue development / determination of liver left/right asymmetry / neural plate development / primitive streak formation / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / left/right axis specification ...central nervous system segmentation / determination of left/right asymmetry in nervous system / determination of pancreatic left/right asymmetry / determination of digestive tract left/right asymmetry / atrial cardiac muscle tissue development / determination of liver left/right asymmetry / neural plate development / primitive streak formation / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / left/right axis specification / germ-line stem cell population maintenance / limb morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / cranial skeletal system development / paraxial mesoderm development / olfactory bulb development / embryonic pattern specification / axial mesoderm development / outer ear morphogenesis / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / heart looping / face development / hippocampus development / central nervous system development / skeletal system development / stem cell differentiation / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ZIC protein, zinc finger domain / Zic proteins zinc finger domain / C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...ZIC protein, zinc finger domain / Zic proteins zinc finger domain / C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / : / C2H2 zinc finger / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein ZIC 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2008
タイトル: Functional and structural basis of the nuclear localization signal in the ZIC3 zinc finger domain
著者: Hatayama, M. / Tomizawa, T. / Sakai-Kato, K. / Bouvagnet, P. / Kose, S. / Imamoto, N. / Yokoyama, S. / Utsunomiya-Tate, N. / Mikoshiba, K. / Kigawa, T. / Aruga, J.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein ZIC 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8675
ポリマ－17,6051
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein ZIC 3 / Zinc finger protein of the cerebellum 3


分子量: 17604.984 Da / 分子数: 1 / 断片: C2H2 domains, UNP residues 245-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E. coli - cell free / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZIC3 / 発現宿主: cell free system (unknown) / 参照: UniProt: O60481
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.57mM [U-13C; U-15N] zinc finger protein ZIC 3; 20mM [U-2H] TRIS; 100mM sodium chloride; 1mM [U-2H] DTT; 0.02 % sodium azide; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA; 10% [U-2H] D2O; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.57 mMzinc finger protein ZIC 3[U-13C; U-15N]1
20 mMTRIS[U-2H]1
100 mMsodium chloride1
1 mMDTT[U-2H]1
0.02 %sodium azide1
0.05 mMZnCl21
1 mMIDA1
10 %D2O[U-2H]1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRAKobayashi, Nデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る