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- PDB-2rp5: Solution structure of the oligomerization domain in CEP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rp5
タイトルSolution structure of the oligomerization domain in CEP-1
要素Putative uncharacterized protein cep-1
キーワードTRANSCRIPTION / CEP-1 / p53 / Oligomerization domain / SAM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic chromosome segregation / response to starvation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / transcription repressor complex / determination of adult lifespan / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / response to hypoxia ...meiotic chromosome segregation / response to starvation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / transcription repressor complex / determination of adult lifespan / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase; domain 1 - #830 / Transcription factor CEP-1, DNA-binding domain / : / CEP-1, DNA binding / CEP-1 C-terminal SAM domain / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor cep-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ou, H.D. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural evolution of C-terminal domains in the p53 family
著者: Ou, H.D. / Loehr, F. / Vogel, V. / Maentele, W. / Doetsch, V.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein cep-1
B: Putative uncharacterized protein cep-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3422
ポリマ－31,3422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein cep-1 / Transcription factor CEP-1


分子量: 15670.919 Da / 分子数: 2
断片: Oligomerization domain of CEP-1, UNP residues 514-644
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: cep-1, F52B5.5, F52B5.5a / プラスミド: pBH4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q20646

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1243D HNCA
1313D 1H-15N NOESY
1443D 1H-13C NOESY
1532D 1H-1H NOESY
1624D J Resolve NOESY
1743D HN(CO)CA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 0.03% sodium azide, 0.4-0.6 mM [U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 0.03% sodium azide, 0.5mM [U-13C; U-15N] protein, 100% D2O100% D2O
320mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 0.03% sodium azide, 0.4-0.6mM protein, 100% D2O100% D2O
420mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 0.03% sodium azide, 0.4-0.6mM [U-13C; U-15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
0.03 %sodium azide1
0.4 mMprotein[U-15N]1
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
0.03 %sodium azide2
0.5 mMprotein[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
0.03 %sodium azide3
0.4 mMprotein3
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
0.03 %sodium azide4
0.4 mMprotein[U-13C; U-15N]4
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilgeschemical shift assignment
ARIA1.2Linge, O'Donoghue, Nilges精密化
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio, Baxgeometry optimization
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 100 structures were calculated, and the best 20 lowest energies structures underwent water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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