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万見
- PDB-2roz: Structure of the C-terminal PID Domain of Fe65L1 Complexed with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2roz
タイトルStructure of the C-terminal PID Domain of Fe65L1 Complexed with the Cytoplasmic Tail of APP Reveals a Novel Peptide Binding Mode
要素
  • Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2
  • peptide from Amyloid beta A4 protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Fe65L1 / PID domain / amyloid precursor protein / Alternative splicing / Amyloid / Apoptosis / Cell adhesion / Coated pit / Copper / Endocytosis / Glycoprotein / Heparin-binding / Iron / Membrane / Metal-binding / Notch signaling pathway / Phosphoprotein / Protease inhibitor / Serine protease inhibitor / Transmembrane / Zinc / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell cycle phase transition / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ECM proteoglycans / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / maintenance of lens transparency / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation ...negative regulation of cell cycle phase transition / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ECM proteoglycans / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / maintenance of lens transparency / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Platelet degranulation / central nervous system neuron differentiation / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of presynapse assembly / collateral sprouting in absence of injury / cytosolic mRNA polyadenylation / synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of synapse structure or activity / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / mating behavior / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / neuron remodeling / suckling behavior / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / intracellular vesicle / dendrite development / presynaptic active zone / signaling receptor activator activity / smooth muscle contraction / neuromuscular process controlling balance / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / forebrain development / smooth endoplasmic reticulum / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / axonogenesis / cholesterol metabolic process / positive regulation of mitotic cell cycle / axon guidance / adult locomotory behavior / locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / visual learning / recycling endosome / neuromuscular junction / cognition / long-term synaptic potentiation / memory / neuron cellular homeostasis / endocytosis / neuron migration / neuron projection development / neuron differentiation / G2/M transition of mitotic cell cycle / apical part of cell / synaptic vesicle / cell-cell junction / mitotic cell cycle / heparin binding / regulation of gene expression / regulation of translation / amyloid-beta binding / growth cone / cytoplasmic vesicle / perikaryon / neuron apoptotic process / response to oxidative stress / gene expression / early endosome / neuron projection / receptor complex / cell adhesion / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / axon / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Amyloid beta precursor protein binding family B member 1/2/3 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. ...Amyloid beta precursor protein binding family B member 1/2/3 / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Amyloid beta precursor protein binding family B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Li, H. / Koshiba, S. / Tochio, N. / Watanabe, S. / Harada, T. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of the C-terminal phosphotyrosine interaction domain of Fe65L1 complexed with the cytoplasmic tail of amyloid precursor protein reveals a novel peptide binding mode
著者: Li, H. / Koshiba, S. / Hayashi, F. / Tochio, N. / Tomizawa, T. / Kasai, T. / Yabuki, T. / Motoda, Y. / Harada, T. / Watanabe, S. / Inoue, M. / Hayashizaki, Y. / Tanaka, A. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年4月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide from Amyloid beta A4 protein
B: Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5872
ポリマ－18,5872
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide from Amyloid beta A4 protein / APP-derived_32-mer_peptide


分子量: 3836.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS / 参照: UniProt: P12023
#2: タンパク質 Amyloid beta A4 precursor protein-binding family B member 2 / Fe65L1


分子量: 14750.546 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal PID Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: E. COLI CELL-FREE / 遺伝子: Apbb2 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q9DBR4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D 13C,15N F1-FILTERED 13C F3-EDITED NOESY
1413D 13C,15N F1-FILTERED 15N F3-EDITED NOESY
1512D F2 13C,15N- FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: The experiments of the conventional NOESY spectra, 3D 1H-15N NOESY and 3D 1H-13C NOESY, are conducted at 900 MHZ BRUKER AVANCE machine. However, the other three filter-related experiments, 3D_ ...Text: The experiments of the conventional NOESY spectra, 3D 1H-15N NOESY and 3D 1H-13C NOESY, are conducted at 900 MHZ BRUKER AVANCE machine. However, the other three filter-related experiments, 3D_13C,15N F1-FILTERED 13C F3-EDITED NOESY, 3D_13C,15N F1-FILTERED 15N F3-EDITED NOESY, and 2D_F2 13C,15N- FILTERED NOESY, are conducted at 800 MHZ BRUKER AVANCE machine.

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試料調製

詳細内容: 0.37mM [U-13C; U-15N] Fe65L1 PID2, 0.37mM APP-derived 32-mer peptide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.37 mMFe65L1 PID2[U-13C; U-15N]1
0.37 mMAPP-derived 32-mer peptide1
試料状態イオン強度: 0.12 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe20031121Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.982Kobayashi, N.データ解析
CYANA1.0.8Herrmann, Guntert and Wuthrich構造決定
CYANA1.0.8Herrmann, Guntert and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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