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- PDB-2ron: The external thioesterase of the Surfactin-Synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ron
タイトルThe external thioesterase of the Surfactin-Synthetase
要素Surfactin synthetase thioesterase subunit
キーワードHYDROLASE / thioesterase / non-ribosomal peptide synthetase / TEII / NRPS / a/b hydrolase / PCP regeneration / Antibiotic biosynthesis / Sporulation / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / lipid biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / antibiotic biosynthetic process / hydrolase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / Thioesterase / Thioesterase domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Surfactin synthase thioesterase subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailstype II thioesterase
データ登録者Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guentert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. ...Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guentert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. / Marahiel, M.A. / Doetsch, V.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural basis for the selectivity of the external thioesterase of the surfactin synthetase
著者: Koglin, A. / Lohr, F. / Bernhard, F. / Rogov, V.V. / Frueh, D.P. / Strieter, E.R. / Mofid, M.R. / Guntert, P. / Wagner, G. / Walsh, C.T. / Marahiel, M.A. / Dotsch, V.
履歴
登録2008年4月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年10月26日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surfactin synthetase thioesterase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6531
ポリマ－27,6531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Surfactin synthetase thioesterase subunit / Cold shock protein CSI16


分子量: 27652.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: srfAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) star
参照: UniProt: Q08788, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: type II thioesterase
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HNCO
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D HNHA
11014D HNNH NOESY

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試料調製

詳細内容: 80 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] TEII, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
80 mMsodium chloride1
50 mMsodium phosphate1
1 mMDTT1
1 mMTEII[U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H]1
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 289 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.111Goddardchemical shift assignment
Sparky3.111Goddardデータ解析
Sparky3.111Goddardpeak picking
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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