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- PDB-2rok: Solution structure of the cap-binding domain of PARN complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rok
タイトルSolution structure of the cap-binding domain of PARN complexed with the cap analog
要素poly(A)-specific ribonuclease
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RRM / RBD / CAP / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of macromolecule metabolic process / lncRNA processing / priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / Deadenylation of mRNA / cation binding / poly(A)-specific ribonuclease / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing ...: / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of macromolecule metabolic process / lncRNA processing / priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / Deadenylation of mRNA / cation binding / poly(A)-specific ribonuclease / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process / telomerase RNA stabilization / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / regulation of RNA stability / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nuclear speck / postsynapse / protein kinase binding / nucleolus / glutamatergic synapse / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(A)-specific ribonuclease, RNA-binding / PARN, R3H domain / RNA binding domain / : / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...Poly(A)-specific ribonuclease, RNA-binding / PARN, R3H domain / RNA binding domain / : / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / RNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Poly(A)-specific ribonuclease PARN / Poly(A)-specific ribonuclease PARN
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Nagata, T. / Suzuki, S. / Endo, R. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Guntert, P. / Hayashizaki, Y. / Muto, Y. ...Nagata, T. / Suzuki, S. / Endo, R. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Guntert, P. / Hayashizaki, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: The RRM domain of poly(A)-specific ribonuclease has a noncanonical binding site for mRNA cap analog recognition.
著者: Nagata, T. / Suzuki, S. / Endo, R. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Kobayashi, N. / Guntert, P. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Muto, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年3月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: poly(A)-specific ribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8363
ポリマ－11,0131
非ポリマー8222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 poly(A)-specific ribonuclease / Polyadenylate-specific ribonuclease


分子量: 11013.168 Da / 分子数: 1 / 断片: cap-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Parn
参照: UniProt: Q3TUQ8, UniProt: Q8VDG3*PLUS, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-7MG / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 379.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PARN, 2.5 mM M7GpppG, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPARN[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2.5 mMM7GpppG1
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe20060702Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificpeak picking
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
KUJIRA0.9825Naohiro Kobayashiデータ解析
KUJIRA0.9825Naohiro Kobayashichemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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