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万見
- PDB-2rnx: The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnx
タイトルThe Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the HUman Transcriptional Co-Activators PCAF and CBP
要素
  • Histone H3
  • Histone acetyltransferase PCAF
キーワードTRANSFERASE/NUCLEAR PROTEIN / Bromodomain / Histone / Acetyltransferase / Acyltransferase / Cell cycle / Host-virus interaction / Nucleus / Polymorphism / Transcription / Transcription regulation / Acetylation / Chromosomal protein / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core / Phosphoprotein / TRANSFERASE-NUCLEAR PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of rRNA processing / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase / cupric reductase (NADH) activity / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex ...negative regulation of rRNA processing / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / histone H3K9 acetyltransferase activity / diamine N-acetyltransferase / cupric reductase (NADH) activity / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / A band / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Physiological factors / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / internal peptidyl-lysine acetylation / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / histone H3 acetyltransferase activity / actomyosin / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ATAC complex / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / I band / limb development / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / SAGA complex / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / cellular response to parathyroid hormone stimulus / protein-lysine-acetyltransferase activity / negative regulation of ferroptosis / protein acetylation / histone acetyltransferase binding / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of paraxial mesoderm / acetyltransferase activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of RNA splicing / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / regulation of cell division / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of embryonic development / intracellular copper ion homeostasis / histone acetyltransferase activity / regulation of DNA repair / histone acetyltransferase / CENP-A containing nucleosome / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / aerobic respiration / positive regulation of glycolytic process / gluconeogenesis / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / enzyme activator activity / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / positive regulation of neuron projection development / Metalloprotease DUBs / kinetochore / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Pre-NOTCH Transcription and Translation / memory / vasodilation / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / mitotic spindle / structural constituent of chromatin / rhythmic process / nucleosome / HATs acetylate histones / heart development / chromatin organization / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Histone-fold / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone acetyltransferase KAT2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Zeng, L. / Zhang, Q. / Gerona-Navarro, G. / Zhou, M.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of Site-Specific Histone Recognition by the Bromodomains of Human Coactivators PCAF and CBP/p300
著者: Zeng, L. / Zhang, Q. / Gerona-Navarro, G. / Moshkina, N. / Zhou, M.M.
履歴
登録2008年2月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase PCAF
B: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5592
ポリマ－15,5592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase PCAF / P300/CBP-associated factor / P/CAF / Histone acetylase PCAF


分子量: 14052.226 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 719-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92831, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1506.771 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-43 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: potassium phosphate / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA2.1Linge, O' Donoghue and Nilgesデータ解析
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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