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- PDB-2rnq: Solution structure of the C-terminal acidic domain of TFIIE alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnq
タイトルSolution structure of the C-terminal acidic domain of TFIIE alpha
要素Transcription initiation factor IIE subunit alpha
キーワードTRANSCRIPTION / general transcription factor / human TFIIE alpha / human TFIIH p62 / acidic domain / PH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1250 / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE ...Helix Hairpins - #1250 / Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIE subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
データ登録者Okuda, M. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the TFIIE-TFIIH interaction: TFIIE and p53 share the binding region on TFIIH
著者: Okuda, M. / Tanaka, A. / Satoh, M. / Mizuta, S. / Takazawa, M. / Ohkuma, Y. / Nishimura, Y.
履歴
登録2008年1月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor IIE subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3831
ポリマ－7,3831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha / General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit


分子量: 7382.924 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal acidic doman, UNP residues 378-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D DQF-COSY
1522D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H NOESY
1732D 1H-15N HSQC
1833D 1H-15N TOCSY
1933D 1H-15N NOESY
11043D HN(CA)CB
11143D CBCA(CO)NH
11243D HNCO
11343D C(CO)NH
11443D H(CCO)NH
11543D HNHB
11643D HNHA
11752D 1H-13C HSQC
11853D (H)CCH-TOCSY
11953D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2mM TFIIE-ALPHA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-2mM TFIIE-ALPHA, 100% D2O100% D2O
31-2mM [U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41-2mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51-2mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TFIIE-ALPHA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 %D2O[U-2H]1
100 %D2O[U-2H]2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing
ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement with water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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