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- PDB-2rnj: NMR Structure of The S. Aureus VraR DNA Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnj
タイトルNMR Structure of The S. Aureus VraR DNA Binding Domain
要素Response regulator protein vraR
キーワードTRANSCRIPTION / HTH LUXR-TYPE DOMAIN / DNA BINDING DOMAIN / Activator / Antibiotic resistance / Cytoplasm / DNA-binding / Phosphoprotein / PHOSPHORYLATION / Transcription regulation / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Response regulator protein VraR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, additional refinement
データ登録者Donaldson, L.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The NMR Structure of the Staphylococcus aureus Response Regulator VraR DNA Binding Domain Reveals a Dynamic Relationship between It and Its Associated Receiver Domain
著者: Donaldson, L.W.
履歴
登録2008年1月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator protein vraR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3831
ポリマ－10,3831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 25structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Response regulator protein vraR


分子量: 10382.875 Da / 分子数: 1 / 断片: HTH LUXR-TYPE DOMAIN, UNP residues 138-209 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 解説: cloned as NdeI/BamHI fragment / 遺伝子: vraR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21:DE3 / 参照: UniProt: Q7A2Q1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
11212D (HB)CB(CGCD)HD
11312D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細内容: 10mM sodium phosphate; 750mM sodium chloride; 0.05% sodium azide; 0.3mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein sample; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphate1
750 mMsodium chloride1
0.05 %sodium azide1
0.3 mMprotein sample[U-98% 13C; U-98% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian NMRS / 製造業者: Varian / モデル: NMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PISTACHIOEghbalnia, Bahrami, Wang, Assadi and Markleychemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing, additional refinement / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM A COMBINATION OF NOE DISTANCE RESTRAINTS AND BACKBONE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS. Final refinement was performed in explicit solvent
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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