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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rn7 | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of TnpE protein from Shigella flexneri. Northeast Structural Genomics Target SfR125 | ||||||
![]() | IS629 orfA | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / helix / all alpha / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, water refinement | ||||||
Model details | all alpha | ||||||
![]() | Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Garcia, M. / Yee, A.A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NMR solution structure of TnpE protein from Shigella flexneri. Northeast Structural Genomics Target SfR125 著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 691.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 583.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 340.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12662.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tnpE / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: ![]() ![]() |
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配列の詳細 | THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES(LEU A 92) AND SEQUENCE DATABASE (GLN). THE AUTHORS BELIEVE THAT ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES(LEU A 92) AND SEQUENCE DATABASE (GLN). THE AUTHORS BELIEVE THAT THE SEQRES IS CORRECT AND IS THE TRUE IDENTITY OF THESE RESIDUES AND IS NATURAL MUTANT. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: all alpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: .5 / pH: 7.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, water refinement ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH, CNS | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 351 / NOE intraresidue total count: 9 / NOE long range total count: 89 / NOE medium range total count: 153 / NOE sequential total count: 109 / Hydrogen bond constraints total count: 38 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 41 / Protein psi angle constraints total count: 41 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0.9 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.01 Å |