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万見
- PDB-2rn7: NMR solution structure of TnpE protein from Shigella flexneri. No... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rn7
タイトルNMR solution structure of TnpE protein from Shigella flexneri. Northeast Structural Genomics Target SfR125
要素IS629 orfA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / helix / all alpha / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS3/IS911family / Transposase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IS629 orfA / IS629 orfA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, water refinement
Model detailsall alpha
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Garcia, M. / Yee, A.A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of TnpE protein from Shigella flexneri. Northeast Structural Genomics Target SfR125
著者: Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Semesi, A. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2007年12月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IS629 orfA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6621
ポリマ－12,6621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 IS629 orfA


分子量: 12662.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: tnpE / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pMGK / 参照: UniProt: Q7UDG6, UniProt: A0A0H2VTH7*PLUS
配列の詳細THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES(LEU A 92) AND SEQUENCE DATABASE (GLN). THE AUTHORS BELIEVE THAT ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES(LEU A 92) AND SEQUENCE DATABASE (GLN). THE AUTHORS BELIEVE THAT THE SEQRES IS CORRECT AND IS THE TRUE IDENTITY OF THESE RESIDUES AND IS NATURAL MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: all alpha
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HBHA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D (H)CCH-TOCSY
11012D 1H-15N HSQC
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliph
11313D 1H-13C NOESY arom
11413D (H)CCH-COSY
11512D 1H-13C HSQC
11622D 1H-15N HSQC
11722D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TnpE protein, 10mM TRIS, 500mM sodium chloride, 10mM DTT, 0.01mM Zn+2, 0.01% sodium azide, 1mM benzamidine, 1x protease inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM [U-7% 13C; U-100% 15N] TnpE protein, 10mM TRIS, 500mM sodium chloride, 10mM DTT, 0.01mM Zn+2, 0.01% sodium azide, 1mM benzamidine, 1x protease inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTnpE protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMTRIS1
500 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
0.01 mMZn+21
0.01 %sodium azide1
1 mMbenzamidine1
1 %protease inhibitor cocktail1
1 mMTnpE protein[U-7% 13C; U-100% 15N]2
10 mMTRIS2
500 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
0.01 mMZn+22
0.01 %sodium azide2
1 mMbenzamidine2
1 %protease inhibitor cocktail2
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 7.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipenmrpipe_linuxDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
AutoStructure2.1.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.15.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.1Goddardデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, water refinement
ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH, CNS
NMR constraintsNOE constraints total: 351 / NOE intraresidue total count: 9 / NOE long range total count: 89 / NOE medium range total count: 153 / NOE sequential total count: 109 / Hydrogen bond constraints total count: 38 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 41 / Protein psi angle constraints total count: 41
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 0.9 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.08 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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