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万見
- PDB-2rm4: Solution Structure of the LSM Domain of Dm EDC3 (Enhancer of DECA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rm4
タイトルSolution Structure of the LSM Domain of Dm EDC3 (Enhancer of DECAPPING 3)
要素CG6311-PB
キーワードPROTEIN BINDING / ENHANCER OF MRNA DECAPPING / P-BODY COMPONENT / SM-LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / mRNA catabolic process / P-body / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Lsm16, N-terminal / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / SH3 type barrels. - #100 ...Lsm16, N-terminal / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enhancer of mRNA-decapping protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Truffault, V. / Coles, M. / Tritschler, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2007
タイトル: A divergent Sm fold in EDC3 proteins mediates DCP1 binding and P-body targeting
著者: Tritschler, F. / Eulalio, A. / Truffault, V. / Hartmann, M.D. / Helms, S. / Schmidt, S. / Coles, M. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG6311-PB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0961
ポリマ－11,0961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1regularized averaged structure

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要素

#1: タンパク質 CG6311-PB / Dm EDC3


分子量: 11095.804 Da / 分子数: 1 / 断片: LSM DOMAIN, Residues UNP 1-101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETM60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) ROSETTA II / 参照: UniProt: Q9VVI2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1423D CBCA(CO)NH
1523D C(CO)NH
1623D CCH-COSY
1723D CCH-TOCSY
1823D CNH-NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11023D HNCA
11123D HN(CA)CO
11223D HNCO
11313D HNHA
11413D HNHB
11513D 1H-15N NOESY
11613D NNH-NOESY
11712D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM [U-100% 15N] Dm EDC3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Dm EDC3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMDm EDC3[U-100% 15N]1
0.8 mMDm EDC3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.6Bruker Biospin解析
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
Sparky3.11Goddardデータ解析
PASTAV0.1Leutner et alchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.9.4aSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.9.4aSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: regularized averaged structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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