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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rlu | ||||||||||||||||||||
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タイトル | The Three Dimensional Structure of the Moorella thermoacetica Selenocysteine Insertion Sequence RNA Hairpin and its Interaction with the Elongation factor SelB | ||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / RNA structure / Selenocysteine / SelB / protein-RNA interactions | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | Model details | Three dimensional structure of the Selenocysteine Insertion Sequence from Moorella thermoacetica ...Three dimensional structure of the Selenocysteine Insertion Sequence from Moorella thermoacetica determined by NMR spectroscopy | データ登録者 | Beribisky, A.V. / Tavares, T.J. / Amborski, A.N. / Motamed, M. / Johnson, A.E. / Mark, T.L. / Johnson, P.E. | 引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2007 | タイトル: The three-dimensional structure of the Moorella thermoacetica selenocysteine insertion sequence RNA hairpin and its interaction with the elongation factor SelB 著者: Beribisky, A.V. / Tavares, T.J. / Amborski, A.N. / Motamed, M. / Johnson, A.E. / Mark, T.L. / Johnson, P.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rlu.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rlu.ent.gz | 101 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rlu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2rlu_validation.pdf.gz | 324.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2rlu_full_validation.pdf.gz | 361 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2rlu_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2rlu_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rlu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6085.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In-vitro transcription using T7 RNA polymerase. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Three dimensional structure of the Selenocysteine Insertion Sequence from Moorella thermoacetica determined by NMR spectroscopy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the noe lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |