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- PDB-2rlq: NMR structure of CCP modules 2-3 of complement factor H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rlq
タイトルNMR structure of CCP modules 2-3 of complement factor H
要素Complement factor H
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / Factor H / Age-related macular degeneration / cofactor activity / Alternative splicing / Complement alternate pathway / Disease mutation / Glycoprotein / Immune response / Innate immunity / Polymorphism / Secreted / Sushi
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Hocking, H.G. / Herbert, A.P. / Pangburn, M.K. / Kavanagh, D. / Barlow, P.N. / Uhrin, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of the N-terminal region of complement factor H and conformational implications of disease-linked sequence variations.
著者: Hocking, H.G. / Herbert, A.P. / Kavanagh, D. / Soares, D.C. / Ferreira, V.P. / Pangburn, M.K. / Uhrin, D. / Barlow, P.N.
履歴
登録2007年7月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1841
ポリマ－14,1841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Complement factor H / H factor 1


分子量: 14183.697 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 84-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1, HF2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P08603
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D C(CO)NH
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D HBHA(CO)NH
1823D 1H-13C NOESY
1923D 1H-15N NOESY
11033D (H)CCH-TOCSY
11123D H(CCO)NH
11223D CBCANH
11323D HBHANH
11412D 1H-15N HSQC-IPAP-HN
11522D 1H-15N HSQC-IPAP-HN
11612D 1H-15N HSQC-IPAP-CAHA
11722D 1H-15N HSQC-IPAP-CAHA
11812D 1H-15N HNCO-IPAP-CACO
11922D 1H-15N HNCO-IPAP-CACO
12032D 1H-15N HSQC
12122D (HB)CB(CGCD)HD
12222D (HB)CB(CGCDCE)HE
12322D 1H-13C HSQC-CT aromatics

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM [U-95% 13C; U-95% 15N] FactorH CCP2-3, 10mM potassium phosphate, 12mg/mL Pf1 phage, 50mM L-Arg, 50mM L-Glu, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
23mM FactorH CCP2-3, 10mM potassium phosphate, 50mM L-Arg, 50mM L-Glu, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM FactorH CCP2-3, 10mM potassium phosphate, 50mM L-Arg, 50mM L-Glu, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMFactorH CCP2-3[U-95% 13C; U-95% 15N]1
10 mMpotassium phosphate1
12 mg/mLPf1 phage1
50 mML-Arg1
50 mML-Glu1
3 mMFactorH CCP2-32
10 mMpotassium phosphate2
50 mML-Arg2
50 mML-Glu2
1 mMFactorH CCP2-33
10 mMpotassium phosphate3
50 mML-Arg3
50 mML-Glu3
試料状態pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis1CCPNデータ解析
Analysis1CCPNpeak picking
Analysis1CCPNchemical shift assignment
Analysis1CCPNchemical shift calculation
Azara2.7Boucher解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichnoe assignment
XwinNMR3.6Bruker Biospincollection
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: with simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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