PDB-2rl3: Crystal structure of the OXA-10 W154H mutant at pH 7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rl3

タイトル

Crystal structure of the OXA-10 W154H mutant at pH 7

要素

Beta-lactamase PSE-2

キーワード

HYDROLASE / OXA-10 / carboxylated lysine / class D beta-lactamase / Antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vercheval, L. / Kerff, F. / Herman, R. / Sauvage, E. / Guiet, R. / Charlier, P. / Frere, J.-M. / Galleni, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Critical role of tryptophan 154 for the activity and stability of class D beta-lactamases.
著者: Baurin, S. / Vercheval, L. / Bouillenne, F. / Falzone, C. / Brans, A. / Jacquamet, L. / Ferrer, J.L. / Sauvage, E. / Dehareng, D. / Frere, J.M. / Charlier, P. / Galleni, M. / Kerff, F.

履歴

登録	2007年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rl3.cif.gz	121.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rl3.ent.gz	95 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rl3_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rl3_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	2rl3_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	2rl3_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/2rl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hp5C 2hp6C 2hp9C 2hpbC 2wgiC 1k4fS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h8y-d 2wgw-d 2wkh-d 5mox-d 2hp9-d 1e4d-2 1e4d-1 4s2o-d 1fof-d 2hp6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase PSE-2

B: Beta-lactamase PSE-2

ヘテロ分子

56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.680, 97.060, 125.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase PSE-2 / Beta lactamase OXA-10 分子量: 27664.477 Da / 分子数: 2 / 変異: W154H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: pse2, oxa10 / プラスミド: pET 22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14489, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	LYS A 70 AND KCX (LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID) A 70 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. IN ...LYS A 70 AND KCX (LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID) A 70 ARE IN ALTERNATE CONFORMATIONS OF EACH OTHER. IN CHAIN A, THE STRUCTURE WAS MODELLED AS A MIXTURE OF CARBONATED AND UNCARBONATED FORM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M AS, 0.1M HEPES, PEG 30%, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.978872 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.68 Å / Num. obs: 47547 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 30.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6568 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1K4F

1k4f

解像度: 1.9→48.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.264 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21815	2400	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16863	-	-	-
obs	0.17109	45064	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3899	0	71	353	4323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.961	5493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.681	5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.834	25.196	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.977	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.124	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.513	2	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.371	3	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.044	2	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.294	3	1500

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	161	-
R_work	0.254	3069	-
obs	-	3230	92.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.0234	-0.3073	7.2882	2.4132	-2.8625	7.3955	0.0957	0.2419	0.5018	-0.1257	-0.3137	-0.172	-0.4799	0.3004	0.218	0.1362	-0.0398	0.0369	0.0483	0.0726	-0.017	18.9043	52.8142	46.3872
2	0.1569	-0.0657	-0.4076	1.1462	-0.6135	2.2068	-0.0537	0.0582	0.0159	-0.0693	-0.0281	-0.0548	-0.0791	-0.0531	0.0817	0.0474	-0.0111	-0.0208	0.0683	0.0001	0.0491	12.9952	42.252	55.6172
3	6.0276	-3.6325	-3.3237	2.2163	2.2651	4.3593	-0.3571	-0.12	-0.0069	0.3565	0.1593	0.0232	0.2364	0.1414	0.1978	0.0655	0.0131	0.0218	0.0431	-0.0078	0.0619	17.4522	29.6412	77.3599
4	2.0891	0.8491	1.2331	0.7933	1.0308	2.1831	-0.0825	-0.027	-0.0945	0.012	0.0617	-0.0144	-0.0163	-0.0749	0.0208	0.0735	0.0164	0.0138	0.0522	0.0015	0.0372	10.7241	30.1743	69.6951
5	0.7192	-0.0902	-0.1006	1.3812	0.2958	1.2467	-0.0476	0.0343	0.0335	-0.0007	0.0385	0.0575	-0.038	-0.0755	0.0091	0.0422	0.0078	-0.0079	0.074	-0.0014	0.0436	5.7133	37.5765	60.6414
6	0.6264	-1.2374	-0.2554	4.9425	3.6307	4.0161	0.0839	-0.1118	0.0799	-0.3782	0.0668	-0.2859	-0.3488	0.1537	-0.1507	0.0876	-0.0395	0.0169	0.041	0	0.0786	20.3006	44.4029	62.915
7	1.8082	-1.6945	-0.0025	3.176	0.422	1.4378	-0.0439	-0.1056	0.1154	-0.0161	0.0544	-0.1236	-0.2297	0.1582	-0.0105	0.0653	-0.0421	-0.0181	0.0551	0.0039	0.0354	20.7583	47.5473	57.7767
8	10.3282	8.0524	-9.05	11.7138	-7.6056	7.9856	0.0657	-0.6401	-0.4398	0.4517	-0.4536	-0.714	0.0675	0.7393	0.3879	0.0611	-0.0254	-0.0678	0.1721	-0.0169	-0.0307	24.4824	52.4784	100.0148
9	1.0606	0.1583	0.5972	0.8689	0.5731	2.2542	-0.004	-0.034	0.2226	0.0457	-0.1029	0.0585	-0.0446	-0.0252	0.107	0.0488	-0.0037	0.0269	0.0184	-0.0193	0.0281	10.8245	57.1771	91.2631
10	8.145	10.6731	1.2747	27.8061	5.8541	8.6894	-0.4072	0.0714	0.8045	-2.1584	-0.0751	-0.0789	-1.758	0.0914	0.4823	0.4876	0.1517	-0.08	-0.0484	0.0573	0.2318	6.5843	71.9265	71.6365
11	3.397	0.5141	-1.612	2.1916	-0.6474	3.5099	0.2135	0.0749	0.3099	-0.2252	-0.2378	0.3269	-0.4962	-0.2487	0.0242	0.0685	0.0675	-0.0598	0.0042	-0.0487	0.0688	0.0106	64.0089	82.5748
12	6.583	-0.0208	5.8345	0.1368	1.0018	12.783	-0.7672	-0.2448	1.1624	-0.3109	-0.4519	-0.1826	-2.048	-0.1989	1.2191	0.4395	0.0931	-0.1232	0.0386	-0.1393	0.3247	1.2307	67.8631	93.3588
13	1.2589	-0.2902	0.0738	0.9863	0.3278	1.7547	0.0028	0.025	0.0323	-0.0518	-0.0164	0.0268	-0.0455	-0.0047	0.0136	0.052	0.0095	0.0004	0.0437	-0.0295	0.0503	9.8297	54.5972	86.0832
14	0.6257	0.4098	0.3574	5.3546	1.2524	2.1129	-0.0448	0.0583	0.0624	-0.0817	0.0457	-0.0076	-0.1367	0.2739	-0.0009	0.016	-0.026	0.0206	0.1003	-0.027	0.0277	20.8368	57.0689	89.2374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	19 - 32	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	33 - 83	15 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	84 - 104	66 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	105 - 133	87 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	134 - 192	116 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	193 - 215	175 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	216 - 264	198 - 246
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	19 - 33	1 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	34 - 86	16 - 68
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	87 - 104	69 - 86
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	105 - 139	87 - 121
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	140 - 158	122 - 140
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	159 - 215	141 - 197
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	216 - 264	198 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)