PDB-2rkh: Crystal structure of a putative AphA-like transcription factor (Z...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rkh

タイトル

Crystal structure of a putative AphA-like transcription factor (ZP_00208345.1) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 2.00 A resolution

要素

Putative AphA-like transcription factor

キーワード

TRANSCRIPTION / ZP_00208345.1 / Putative AphA-like Transcription Factor / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

HscB, C-terminal domain / Monooxygenase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative AphA-like transcription factor (ZP_00208345.1) from Magnetospirillum magnetotacticum MS-1 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

Remark 999

SEQUENCE 1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rkh.cif.gz	47.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rkh.ent.gz	32.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rkh_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rkh_full_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示
XML形式データ	2rkh_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	2rkh_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mq1-3 3t9c-d 1yw2-d 3t9d-d 4hn2-d 5f87-1 5f87-2 5n6p-d 5ra3-d 6qal-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 377966

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative AphA-like transcription factor

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative AphA-like transcription factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.620, 66.620, 92.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING.

#1: タンパク質	Putative AphA-like transcription factor 分子量: 20110.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア) 株: MS-1 / 遺伝子: ZP_00208345.1 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG ...REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE REMARK 999 LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: NANODROP, 15.0% Glycerol, 0.17M NaOAc, 25.5% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0000, 0.9795, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9795	1
3	0.9797	1

反射

解像度: 2→28.364 Å / Num. obs: 14688 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 44.566 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.26

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	0.665	2	9495	2578	1	97.4
2.07-2.15	0.473	2.9	9857	2613	1	100
2.15-2.25	0.335	4.1	10451	2754	1	100
2.25-2.37	0.226	5.9	10424	2740	1	100
2.37-2.52	0.156	8.5	10285	2697	1	100
2.52-2.71	0.102	12.4	10083	2645	1	100
2.71-2.99	0.064	18.4	10572	2771	1	99.9
2.99-3.42	0.041	26.8	10165	2663	1	100
3.42-4.3	0.029	37.8	10128	2689	1	99.9
4.3-28.364	0.023	42.9	10208	2724	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0040	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→28.364 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 8.358 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.159
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	736	5 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	14640	99.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.306 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.364 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1211	0	0	57	1268

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.998	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	3	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.608	5	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.38	21.522	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.605	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.118	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.125	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.139	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.074	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.1	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.175	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.062	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.035	3	967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.392	3	340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.621	5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.326	8	458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.758	11	401

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	51	-
R_work	0.263	974	-
all	-	1025	-
obs	-	-	98.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.74 Å / Origin y: 16.563 Å / Origin z: 8.679 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1713 Å²	-0.0007 Å²	0.0144 Å²	-	-0.1163 Å²	0.0372 Å²	-	-	-0.0953 Å²
L	2.1808 °²	0.272 °²	0.5678 °²	-	2.2507 °²	-1.0641 °²	-	-	3.6268 °²
S	0.0816 Å °	-0.334 Å °	-0.4478 Å °	0.0246 Å °	0.016 Å °	0.1797 Å °	0.2893 Å °	-0.2128 Å °	-0.0976 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 66	7 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	75 - 145	76 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	148 - 179	149 - 180

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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