PDB-2rkf: HIV-1 PR resistant mutant + LPV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rkf

タイトル

HIV-1 PR resistant mutant + LPV

要素

PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE / resistence / insertion

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Brynda, J. / Kozisek, M. / Saskova, K.G. / Konvalinka, J.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease mutants with insertions in the flap region
著者: Kozisek, M. / Saskova, K.G. / Rezacova, P. / Brynda, J. / van Maarseveen, N.M. / De Jong, D. / Boucher, C.A. / Kagan, R.M. / Nijhuis, M. / Konvalinka, J.

履歴

登録	2007年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rkf.cif.gz	60.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rkf.ent.gz	44.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rkf_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rkf_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2rkf_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	2rkf_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/2rkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rkgC 1u8gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ggv-1 2bpz-d 4qj7-1 4mc9-d 4hdp-d 2i4x-d 4qj8-2 5dgu-d 2bpw-d 2xye-d 2azc-d 3kf0-d 2o4p-d 1d4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.961, 61.961, 84.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	4	A	A	1 - 99	1 - 99
2	1	PHE	PHE	4	B	B	1 - 99	1 - 99
1	2	AB1	AB1	1	A	A - D	1 - 501	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10783.658 Da / 分子数: 2 変異: L10F,I13V,G16A,K20M,V32I,K43T,M46V,I47V,I54M,I64V,A71V,V82A 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: A0F7J4, UniProt: Q90JJ9*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR / ロピナビル分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₄O₅ コメント: 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: reservoir: 0.1M MES pH 5.4, 0.5M Ammonium Sulfate; drops: 2ul protein + 1ul reservoir Cpr=8mg/ml, 5-fold molar excess of LPV , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.95 Å / Num. all: 17065 / Num. obs: 16825 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 26.2 Å² / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 37.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.375 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1U8G

1u8g

解像度: 1.8→24.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.878 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24795	1236	7.3 %	RANDOM
R_work	0.18941	-	-	-
obs	0.19357	15673	99.45 %	-
all	-	17065	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1511	0	68	132	1711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	2.032	2411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.541	5	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.25	24.462	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.114	15	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.766	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.932	1.5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.308	2	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.677	3	791
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.452	4.5	716

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	2	B	46	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	753	medium positional	0.42	0.5
2	2	B	46	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	753	medium thermal	0.39	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	81	-
R_work	0.227	1102	-
obs	-	-	95.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4905	0.4165	0.6092	2.0694	2.1629	6.8549	0.0358	-0.0389	0.102	-0.0576	-0.2182	0.1606	-0.1759	-0.6306	0.1825	-0.1494	0.0079	0.0003	-0.1815	-0.0321	-0.1388	-32.38	2.823	1.161
2	2.1926	-0.2409	-1.1182	2.4901	1.775	9.0291	0.0174	0.0675	-0.0754	0.0236	-0.2383	0.1244	0.0649	-0.6377	0.2209	-0.1599	-0.0035	-0.0089	-0.1785	-0.0367	-0.137	-32.451	-2.694	-1.843
3	1.0442	-0.8327	0.0226	5.1283	1.7222	3.2149	0.0328	-0.1588	0.1081	0.0747	0.0102	-0.2123	-0.0152	0.1135	-0.043	-0.1003	-0.0151	0.0002	-0.124	-0.0461	-0.0772	-24.375	9.245	8.857
4	1.0504	1.0967	0.1988	5.3156	2.0469	3.3697	0.0435	0.145	-0.1255	-0.0921	0.0356	-0.208	0.0336	0.1112	-0.0791	-0.0999	0.0202	0.0024	-0.1334	-0.0484	-0.0779	-24.38	-9.259	-9.502
5	10.6315	-3.5065	-6.6747	4.4615	1.4196	11.502	-0.4963	-1.0817	0.319	0.7004	0.4962	-0.8022	0.4088	1.0356	0.0001	0.029	0.0524	-0.1295	0.1195	-0.1401	0.1408	-13.729	5.735	13.949
6	9.0634	2.6749	6.7789	2.4365	0.5964	12.5369	-0.4865	0.9479	-0.1977	-0.7251	0.3871	-0.6776	-0.3995	1.081	0.0994	0.0421	-0.0446	0.1187	0.1215	-0.1267	0.1422	-13.72	-5.607	-14.583
7	2.294	-0.3831	2.7795	7.6819	-2.7079	8.4406	0.2424	-0.3384	0.1048	-0.7929	0.1729	-0.2902	0.7063	0.6142	-0.4152	-0.0625	0.0419	0.0039	-0.0078	-0.0591	0.0493	-18.117	-0.008	-0.306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 9	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	86 - 99	86 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 9	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	86 - 99	86 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	10 - 32	10 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	63 - 85	63 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 32	10 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	63 - 85	63 - 85
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	33 - 62	33 - 62
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	33 - 62	33 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	E	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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