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- PDB-2rkd: The Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with 3-phosphonop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkd
タイトルThe Structure of rat cytosolic PEPCK in complex with 3-phosphonopropionate
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / kinase / gluconeogenesis / Decarboxylase / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / response to methionine / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process ...Gluconeogenesis / response to methionine / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular hypotonic response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular hyperosmotic response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / cellular hyperosmotic salinity response / nucleoside diphosphate kinase activity / response to lipid / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to activity / gluconeogenesis / response to insulin / response to bacterium / response to nutrient levels / cellular response to glucose stimulus / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / GDP binding / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHONOPROPANOIC ACID / : / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sullivan, S.M. / Stiffin, R.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Differential Inhibition of Cytosolic PEPCK by Substrate Analogues. Kinetic and Structural Characterization of Inhibitor Recognition.
著者: Stiffin, R.M. / Sullivan, S.M. / Carlson, G.M. / Holyoak, T.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9315
ポリマ－69,6441
非ポリマー2874
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.294, 119.397, 60.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / Phosphoenolpyruvate carboxylase / PEPCK-C


分子量: 69643.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / プラスミド: PGEX4T2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-3PP / 3-PHOSPHONOPROPANOIC ACID / 2-CARBOXYETHYLPHOSPHONIC ACID / 3-ホスホノプロピオン酸


分子量: 154.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O5P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12-30% PEG 3350, 0.1M HEPES, 10 MM MNCL2, pH 7.4, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 118 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月23日 / 詳細: BLUE OSMIC Confocal MIRRORS
放射モノクロメーター: Blue osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 46838 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.975.50.65340651.097184.2
1.97-2.056.20.50645101.083194.9
2.05-2.146.80.39446801.074197.7
2.14-2.257.20.30447561.078198.3
2.25-2.397.30.22747371.064198.8
2.39-2.587.30.17547461.082199.2
2.58-2.847.30.13248371.071199.4
2.84-3.257.40.147901.033199.8
3.25-4.097.40.07348381.0881100
4.09-1007.40.04948791.148199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化解像度: 1.9→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.86 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2377 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 46794 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4819 0 12 471 5302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1121.9646856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7495637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19524.174230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04315880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1921532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.22408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1360.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3621.53094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.66924995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03832052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7114.51849
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 157 -
Rwork0.304 2711 -
all-2868 -
obs--81.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3362-3.6679-7.906520.0149-5.520518.57530.9344-0.00032.3944-1.6689-0.8606-2.15841.0077-0.9333-0.07380.1909-0.21670.24860.2963-0.09810.19365.5892-18.782-28.7281
21.95250.4525-0.51693.03210.68251.5853-0.05510.18580.0218-0.26410.05180.24550.075-0.03690.00330.0098-0.0081-0.05250.0736-0.02350.0219-2.9543-17.1016-15.0776
33.16770.69390.05753.17250.27561.670.06990.0733-0.30940.5394-0.0840.22970.3609-0.00740.01410.1931-0.02790.0188-0.04640.0071-0.0196-1.623-22.90248.0094
41.73020.79510.50173.43652.04323.4594-0.0958-0.01370.01770.10620.0992-0.3573-0.13490.1378-0.0034-0.0396-0.0054-0.05710.10970.00390.078214.11488.39061.0048
51.95850.06260.308714.91764.33671.30380.11970.14740.1875-0.2619-0.0637-0.6776-0.0585-0.0085-0.056-0.0618-0.0062-0.00240.10980.00060.079315.9792-3.5234-9.1229
61.1140.16890.11392.08910.35360.78470.01880.11790.01320.0926-0.07530.11120.07190.02750.05640.0045-0.0077-0.01810.0949-0.01650.04440.3505-11.1235-5.4404
70.7821-0.6665-0.210.64630.40580.7144-0.0170.1394-0.07740.1871-0.10170.1826-0.005-0.02750.11860.0261-0.02940.02110.075-0.02620.1065-5.4393.25034.1122
81.73581.7388-0.72772.4157-2.52545.0934-0.3408-0.2831-0.84920.0375-0.0998-0.34720.2940.15340.44060.169-0.0360.162-0.07670.01350.1001-12.29341.037521.3863
90.6788-0.5902-0.2251.78640.54360.575-0.13340.1241-0.02760.1706-0.14310.19650.1852-0.1870.27650.0254-0.05370.06970.0632-0.04520.1137-12.93073.35417.7008
101.124-0.63460.88513.0172-0.10721.65840.026-0.1436-0.081.1688-0.01310.4740.1304-0.1364-0.01290.428-0.07290.2084-0.07410.0172-0.0332-6.7692-17.261721.4759
114.2607-1.2333-0.04832.99040.20270.91190.0613-0.5336-0.16110.8819-0.02380.02560.26090.1585-0.03750.3387-0.06590.07470.02350.017-0.0387-0.6732-15.799618.5907
121.26520.0304-0.2940.8170.57821.1698-0.0641-0.0085-0.1230.19810.00090.06190.08790.06990.06320.0668-0.0161-0.01270.04230.01950.0419-1.534412.187512.3305
132.64430.28280.07031.4166-0.05661.2982-0.0802-0.1867-0.02410.2323-0.0910.11910.0695-0.01660.17120.0842-0.00240.01620.0507-0.0170.0126-9.980815.103822.4953
140.0065-0.0433-0.12850.28720.85182.52660.4259-2.4166-0.1826-0.2118-0.09740.449-0.64880.0007-0.32850.2334-0.06490.08060.35470.11630.2427-11.477513.550535.466
150.8009-0.687-0.92741.92181.082.1881-0.0287-0.07980.10880.24290.0752-0.1844-0.12290.1325-0.04650.0545-0.0289-0.07950.04970.00820.05117.716324.312717.1043
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 115 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2AA12 - 5414 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 8757 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4AA88 - 11490 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5AA115 - 133117 - 135
6X-RAY DIFFRACTION6AA134 - 225136 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7AA226 - 285228 - 287
8X-RAY DIFFRACTION8AA286 - 302288 - 304
9X-RAY DIFFRACTION9AA303 - 338305 - 340
10X-RAY DIFFRACTION10AA339 - 383341 - 385
11X-RAY DIFFRACTION11AA384 - 418386 - 420
12X-RAY DIFFRACTION12AA419 - 499421 - 501
13X-RAY DIFFRACTION13AA500 - 560502 - 562
14X-RAY DIFFRACTION14AA561 - 578563 - 580
15X-RAY DIFFRACTION15AA579 - 622581 - 624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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