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万見
- PDB-2rjq: Crystal structure of ADAMTS5 with inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rjq
タイトルCrystal structure of ADAMTS5 with inhibitor bound
要素ADAMTS-5
キーワードHYDROLASE / metalloprotease domain / aggrecanase / Cleavage on pair of basic residues / Extracellular matrix / Glycoprotein / Metal-binding / Secreted / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly ...Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / integrin binding / metallopeptidase activity / peptidase activity / heparin binding / endopeptidase activity / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum lumen / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, ADAM-TS5 / YefM-like fold - #60 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 ...Peptidase M12B, ADAM-TS5 / YefM-like fold - #60 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / YefM-like fold / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BAT / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mosyak, L. / Stahl, M. / Somers, W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the two major aggrecan degrading enzymes, ADAMTS4 and ADAMTS5.
著者: Mosyak, L. / Georgiadis, K. / Shane, T. / Svenson, K. / Hebert, T. / McDonagh, T. / Mackie, S. / Olland, S. / Lin, L. / Zhong, X. / Kriz, R. / Reifenberg, E.L. / Collins-Racie, L.A. / ...著者: Mosyak, L. / Georgiadis, K. / Shane, T. / Svenson, K. / Hebert, T. / McDonagh, T. / Mackie, S. / Olland, S. / Lin, L. / Zhong, X. / Kriz, R. / Reifenberg, E.L. / Collins-Racie, L.A. / Corcoran, C. / Freeman, B. / Zollner, R. / Marvell, T. / Vera, M. / Sum, P.E. / Lavallie, E.R. / Stahl, M. / Somers, W.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT THAT WAS CRYSTALLIZED ENCODES RESIDUES 262-628 OF HUMAN ADAMTS-5 PLUS A C- ... SEQUENCE THE CONSTRUCT THAT WAS CRYSTALLIZED ENCODES RESIDUES 262-628 OF HUMAN ADAMTS-5 PLUS A C-TERMINAL STREP-TAG (SEQUENCE: GSAWSHPQFEK).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAMTS-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8359
ポリマ－41,6511
非ポリマー1,1848
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.471, 95.471, 93.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ADAMTS-5 / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / ...A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / Aggrecanase-2 / ADMP-2 / ADAM-TS 11


分子量: 41651.238 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 262-628 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAMTS5, ADAMTS11, ADMP2 / 細胞株 (発現宿主): Ovary (CHO) cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9UNA0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 88分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-BAT / 4-(N-HYDROXYAMINO)-2R-ISOBUTYL-2S-(2-THIENYLTHIOMETHYL)SUCCINYL-L-PHENYLALANINE-N-METHYLAMIDE / BATIMASTAT / BB94 / バチマスタット


分子量: 477.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31N3O4S2 / コメント: 阻害剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 8000, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射モノクロメーター: Si 220, Rosenbaum-Rock double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13624 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.29

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RJP

2rjp


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 22.759 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Although the amino acid sequence of the crystallized protein encompasses three domains: catalytic, disintegrin-like domain and ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Although the amino acid sequence of the crystallized protein encompasses three domains: catalytic, disintegrin-like domain and thrombospondin-like domain, the latter domain, residues 557-628, has no supporting electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 683 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 13609 87.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.85 Å21.93 Å20 Å2
2--3.85 Å20 Å2
3----5.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 66 81 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0212349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.9853186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8025291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60324.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.73615394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0611513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1670.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.21558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.283
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1981.51486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.3822321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5493953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0384.5865
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 18 -
Rwork0.339 434 -
all-452 -
obs--39.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3094-1.3582-0.91235.34040.6916.37780.32930.33990.7812-0.1339-0.02-0.207-0.7394-0.2715-0.30930.06330.11160.114-0.26030.0398-0.1667-43.205-14.529915.0999
211.8705-1.4137-5.61263.14233.129111.0450.48950.27981.7469-0.45820.3132-0.7536-0.94280.6015-0.80280.1431-0.03310.11120.01780.00080.4197-19.1383-15.90998.0791
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA264 - 4853 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2AA486 - 555225 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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