PDB-2rih: CBS domain protein PAE2072 from Pyrobaculum aerophilum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rih

タイトル

CBS domain protein PAE2072 from Pyrobaculum aerophilum

要素

Conserved protein with 2 CBS domains

キーワード

LIGAND-BINDING PROTEIN / CBS domain / Bateman domain / AMP binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lee, T.M. / King, N.P. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures and Functional Implications of an AMP-Binding Cystathionine beta-Synthase Domain Protein from a Hyperthermophilic Archaeon
著者: King, N.P. / Lee, T.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2007年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rih.cif.gz	64.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rih.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rih_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rih_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	2rih_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	2rih_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2rih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/2rih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rifC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rif-1 6zn8-2 2d2z-1 2rif-2 6gzy-2 4iqa-1 2i9f-d 3ksx-d 5mwh-d 1k0o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conserved protein with 2 CBS domains

B: Conserved protein with 2 CBS domains

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.778, 98.486, 51.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-142- SO4

#1: タンパク質	Conserved protein with 2 CBS domains 分子量: 15310.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE2072 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVX8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 6 詳細: Lithium sulfate, HEPES, PEG3350, pH 6.0, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→80 Å / Num. all: 17354 / Num. obs: 17354 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique all: 1679 / % possible all: 95.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.3 Å	58.51 Å
Translation	3.3 Å	58.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→51.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 8.115 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	873	5.1 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2	17234	96.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.943 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→51.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2009	0	39	161	2209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	2.01	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3.001	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.828	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.859	21.209	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.002	15	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.943	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.23	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.733	2	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.363	2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.061	3	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.626	2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.212	3	714

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	60	-
R_work	0.235	1191	-
all	-	1251	-
obs	-	-	95.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4476	0.3987	0.1967	1.2883	0.6836	1.14	0.0634	-0.026	-0.0111	0.0246	-0.0422	0.092	-0.0241	-0.0542	-0.0212	-0.0634	0.029	0.009	-0.0319	0.0088	-0.0172	-9.2425	12.5028	26.1792
2	0.9182	0.3869	0.2986	1.362	0.6363	1.4858	-0.0593	0.0784	-0.0491	-0.1431	0.0751	-0.0669	-0.1237	0.0723	-0.0158	-0.0497	-0.0009	-0.0015	-0.0356	0.0163	-0.0297	11.754	14.6902	21.5435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 132	5 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 131	5 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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