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- PDB-2rhe: STRUCTURE OF A NOVEL BENCE-JONES PROTEIN (RHE) FRAGMENT AT 1.6 AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rhe
タイトルSTRUCTURE OF A NOVEL BENCE-JONES PROTEIN (RHE) FRAGMENT AT 1.6 ANGSTROMS RESOLUTION
要素BENCE-JONES PROTEIN RHE (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fureyjunior, W. / Wang, B.C. / Yoo, C.S. / Sax, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of a novel Bence-Jones protein (Rhe) fragment at 1.6 A resolution.
著者: Furey Jr., W. / Wang, B.C. / Yoo, C.S. / Sax, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1979
タイトル: Phase Extension and Refinement of Bence-Jones Protein Rhe (1.9 Angstroms)
著者: Fureyjunior, W. / Wang, B.C. / Yoo, C.S. / Sax, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure of Bence Jones Protein Rhe (3 Angstroms) and its Unique Domain-Domain Association
著者: Wang, B.-C. / Yoo, C.S. / Sax, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of a Dimeric Fragment Related to the Lambda-Type Bence-Jones Protein. A Preliminary Study
著者: Wang, B.-C. / Sax, M.
履歴
登録1983年6月13日処理サイト: BNL
置き換え1983年9月15日ID: 1RHE
改定 1.01983年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENCE-JONES PROTEIN RHE (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8411
ポリマ－11,8411
非ポリマー00
水3,351186
1
A: BENCE-JONES PROTEIN RHE (LIGHT CHAIN)

A: BENCE-JONES PROTEIN RHE (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6822
ポリマ－23,6822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.630, 52.220, 42.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: SEE REMARK 6. / 2: THE SIDE CHAIN OF RESIDUE ILE 35 IS SLIGHTLY DISORDERED.
詳細THIS MOLECULE EXISTS AS A DIMER BOTH IN SOLUTION AND IN THE CRYSTALS, BUT THE TWO-FOLD AXIS OF DIMERIZATION IS ALIGNED WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC Z-AXIS. THUS THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONLY A MONOMER. TO GENERATE THE INTACT DIMER, APPLY THE OPERATION -X, -Y, Z TO THE COORDINATES BELOW.

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要素

#1: 抗体 BENCE-JONES PROTEIN RHE (LIGHT CHAIN)


分子量: 11840.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: URINE / 参照: PIR: S25752
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.05 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 Mphosphate-citrate11
22.0 M11(NH4)2SO4
30.02 %11NaN3

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 12842 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge F obs: 0.28 / Num. measured all: 16665

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.6→10 Å
詳細: ALTHOUGH THE CHEMICAL EVIDENCE INDICATES THAT RESIDUE 1 IS PCA (PYROLLIDONE CARBOXYLIC ACID) WHICH IS A CYCLIZED GLUTAMIC ACID, THE COORDINATES GIVEN BELOW ARE THOSE OF THE UNCYCLIZED ...詳細: ALTHOUGH THE CHEMICAL EVIDENCE INDICATES THAT RESIDUE 1 IS PCA (PYROLLIDONE CARBOXYLIC ACID) WHICH IS A CYCLIZED GLUTAMIC ACID, THE COORDINATES GIVEN BELOW ARE THOSE OF THE UNCYCLIZED GLUTAMIC ACID (GLU) WHICH WAS USED IN THE REFINEMENT PROCESS. ALMOST NO ELECTRON DENSITY WAS OBSERVED FOR THIS RESIDUE IN THE CRYSTALLOGRAPHIC STUDY INDICATING THAT THIS RESIDUE IS BADLY DISORDERED AND DOES NOT PACK WELL INTO THE LATTICE. THEREFORE NO ATTEMPT WAS MADE TO FIT A PCA GROUP TO THE DATA. THIS DISCREPANCY HAS NO EFFECT ON THE REMAINDER OF THE STRUCTURE. THE SOLVENT STRUCTURE HAS BEEN DETERMINED TO THE EXTENT THAT 35 PER CENT OF ALL WATERS WERE FOUND AND REFINED. THE FIRST 102 WATER SITES ARE FULLY OCCUPIED AND ARE BELIEVED TO BE ACCURATELY PLACED. OCCUPANCIES WERE REFINED FOR THE REMAINING WATER SITES, AND THEIR POSITIONS ARE LIKELY TO BE KNOWN WITH LESS ACCURACY. ALL WATER SITES INCLUDED IN THIS ENTRY ARE CHEMICALLY SENSIBLE IN THAT HYDROGEN BONDS ARE FORMED TO SUITABLE DONORS OR ACCEPTORS AND NO BAD PACKING CONTACTS ARE FORMED. WATERS 115, 117, 118, 121 AND 123 ARE PARTICULARLY SIGNIFICANT AND APPEAR TO BE INTEGRAL PARTS OF THE PROTEIN STRUCTURE.
Rfactor反射数
Rwork0.149 -
obs-12763
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数833 0 0 186 1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 12763 / Rfactor obs: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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