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- PDB-2rh6: Structure of Xac NPP for evaluation of refinement methodology -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rh6
タイトルStructure of Xac NPP for evaluation of refinement methodology
要素Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #180 / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Zalatan, J.G. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Hershlag, D.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Goodness of Fit: A New Treatment of Model Complexity
著者: Fenn, T.D. / Pozharski, E. / Wilson, M.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structural and functional comparisons of nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase and alkaline phosphatase: implications for mechanism and evolution.
著者: Zalatan, J.G. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Herschlag, D.
履歴
登録2007年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
B: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7859
ポリマ－85,4822
非ポリマー1,3037
水12,052669
1
A: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2194
ポリマ－42,7411
非ポリマー4783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5665
ポリマ－42,7411
非ポリマー8254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.049, 78.620, 129.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 44 - 425 / Label seq-ID: 5 - 386

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase


分子量: 42741.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-432 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
生物種: Xanthomonas axonopodis / 株: 306 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PIS1, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris HCl, 19% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 110794 / Num. obs: 110794 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.136

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2GSN

2gsn


解像度: 1.45→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21063 4886 4.9 %RANDOM
Rwork0.18547 ---
obs0.18675 93861 82.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.705 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5882 0 73 669 6624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9498713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82313020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8815816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20722.517286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65915922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3141561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.25935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.23090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.23734
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2780.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.871.55070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1841.51606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99926376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58332784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3344.52337
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5747 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.250.5
medium thermal0.642
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 121 -
Rwork0.374 2514 -
obs--30.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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