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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rh6 | ||||||
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タイトル | Structure of Xac NPP for evaluation of refinement methodology | ||||||
![]() | Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zalatan, J.G. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Hershlag, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Goodness of Fit: A New Treatment of Model Complexity 著者: Fenn, T.D. / Pozharski, E. / Wilson, M.A. #1: ![]() タイトル: Structural and functional comparisons of nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase and alkaline phosphatase: implications for mechanism and evolution. 著者: Zalatan, J.G. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Herschlag, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 177.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2gsnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 44 - 425 / Label seq-ID: 5 - 386
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42741.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-432 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Xanthomonas axonopodis / 株: 306 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Bis-Tris HCl, 19% PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 110794 / Num. obs: 110794 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.136 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GSN 解像度: 1.45→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.705 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.9 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5747 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.489 Å / Total num. of bins used: 20
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