PDB-2rh5: Structure of Apo Adenylate Kinase from Aquifex Aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rh5

タイトル

Structure of Apo Adenylate Kinase from Aquifex Aeolicus

要素

Adenylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) / ATP-binding /

Cytoplasm (細胞質) /

Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity /

UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process /

adenylate kinase /

adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process /

nucleoside diphosphate kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Thai, V. / Wolf-Watz, M. / Fenn, T. / Pozharski, E. / Wilson, M.A. / Petsko, G.A. / Kern, D.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Intrinsic motions along an enzymatic reaction trajectory.
著者: Henzler-Wildman, K.A. / Thai, V. / Lei, M. / Ott, M. / Wolf-Watz, M. / Fenn, T. / Pozharski, E. / Wilson, M.A. / Petsko, G.A. / Karplus, M. / Hubner, C.G. / Kern, D.

履歴

登録	2007年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rh5.cif.gz	184.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rh5.ent.gz	144.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/2rh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/2rh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rgxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tn6-2 1ku7-d 3a7i-d 3hzj-1 1u5w-1 3mfg-d 1t6c-d 6cav-1 5x18-1 4w8d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylate kinase

C: Adenylate kinase

B: Adenylate kinase

69.8 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Adenylate kinase

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Adenylate kinase

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Adenylate kinase

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.681, 157.596, 84.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Adenylate kinase / / ATP-AMP transphosphorylase 分子量: 23269.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: adk / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O66490, adenylate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Adenylate kinase /

/ ATP-AMP transphosphorylase

分子量: 23269.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: adk / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: O66490,

adenylate kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 28-30% (w/v) PEG 3000, 200 mM sodium acetate, and 100 mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 24570 / % possible obs: 96.4 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.147 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.885 / Num. unique all: 2455 / Χ²: 1.285 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 2.48→47.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 23.446 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.735 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1096	4.8 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2	22909	93.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→47.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4842	0	0	25	4867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	2.009	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.059	5	603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.56	24.225	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.078	15	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.306	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.767	2	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.345	3	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.31	4.5	1722

LS精密化シェル

解像度: 2.483→2.548 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	67	-
R_work	0.309	1350	-
all	-	1417	-
obs	-	-	82.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6523	-1.0397	0.3991	3.6971	0.3263	2.8091	0.0232	0.1575	0.0896	-0.1737	0.0635	-0.2117	-0.2149	0.353	-0.0867	-0.2605	-0.0407	0.0533	-0.194	-0.0088	-0.2293	10.6593	14.7321	2.598
2	2.6834	-0.102	-0.0242	2.7013	1.2564	6.8452	-0.1502	-0.0246	-0.2697	0.2003	0.1344	-0.4288	0.3784	0.3803	0.0158	-0.1397	0.0518	-0.021	-0.1643	0.0124	-0.0212	55.8671	16.6408	35.761
3	3.7351	1.986	-0.6041	5.6066	-1.296	3.841	0.4424	-1.0242	0.267	0.9853	-0.2994	0.4821	-0.5749	-0.4922	-0.1431	0.2561	-0.0609	0.0285	0.3481	-0.0717	0.0826	32.861	28.0618	67.2246
4	11.1912	2.2218	-0.4061	3.0779	0.0855	2.052	0.1133	-0.6038	-0.073	0.3203	-0.1431	0.2222	-0.2129	-0.3529	0.0298	-0.116	0.0606	0.0423	-0.1703	0.0046	-0.1632	-13.2767	21.1346	7.8101
5	2.4206	-1.5142	-0.5551	13.5456	-4.3087	2.6626	0.3047	0.2056	0.242	-1.2363	-0.025	-0.0794	0.0861	0.2391	-0.2797	0.1648	-0.0039	-0.0893	0.0202	-0.1007	0.0266	54.854	39.4874	40.4784
6	10.1898	1.7609	4.0516	3.5702	1.0338	4.0272	0.0733	-0.0336	-0.5044	-0.0499	0.0605	-0.6312	0.1438	0.4711	-0.1338	-0.0553	-0.0662	-0.0056	-0.0437	0.0116	0.0515	23.037	9.7901	54.1136
7	4.6755	1.2228	-1.5482	4.7704	0.5734	5.6629	-0.1189	-0.0014	-0.2229	0.1913	-0.0213	0.0792	0.2353	-0.0033	0.1402	-0.2646	0.0195	-0.0111	-0.1579	-0.008	-0.1736	8.6821	7.5819	23.4668
8	15.4801	0.5931	-1.8735	4.2348	0.593	5.6011	-0.1672	0.2947	1.1549	-0.2529	0.0672	0.7885	-0.5257	-0.1602	0.1	-0.0944	-0.0551	-0.0208	-0.0225	0.0575	0.1086	35.1524	22.4283	34.3829
9	5.6148	2.6869	-2.52	4.9236	1.9477	10.268	0.0896	0.7492	0.5665	-0.0366	-0.225	0.4166	-0.8795	-1.2538	0.1354	0.0887	0.0779	-0.0815	0.1477	-0.0252	0.1379	35.9695	35.6265	47.2493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 29	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	72 - 110	72 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	170 - 202	170 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	1 - 29	1 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	72 - 110	72 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	170 - 202	170 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	C	1 - 29	1 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	C	72 - 110	72 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	C	170 - 202	170 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	111 - 169	111 - 169
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	B	111 - 169	111 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	C	111 - 169	111 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	30 - 71	30 - 71
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	B	30 - 71	30 - 71
15	X-RAY DIFFRACTION	9	B	C	30 - 71	30 - 71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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