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- PDB-2rgr: Topoisomerase IIA bound to G-segment DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rgr
タイトルTopoisomerase IIA bound to G-segment DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • DNA topoisomerase 2
キーワードIsomerase/DNA / protein-DNA complex / ATP-binding / DNA-binding / Isomerase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Topoisomerase / Isomerase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination ...replication fork progression beyond termination site / DNA replication termination region / chromatin remodeling at centromere / regulation of mitotic recombination / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / SUMOylation of DNA replication proteins / synaptonemal complex / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / rRNA transcription / DNA topological change / chromatin organization / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM ...Dna Ligase; domain 1 - #30 / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / Rossmann fold - #670 / Gyrase A; domain 2 - #40 / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Dna Ligase; domain 1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dong, K.C. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural basis for gate-DNA recognition and bending by type IIA topoisomerases.
著者: Dong, K.C. / Berger, J.M.
履歴
登録2007年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA
D: DNA
A: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6894
ポリマ－98,6643
非ポリマー241
水86548
1
C: DNA
D: DNA
A: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子

C: DNA
D: DNA
A: DNA topoisomerase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,3778
ポリマ－197,3296
非ポリマー492
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area14420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.435, 126.801, 223.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 4659.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 5757.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA topoisomerase 2 / DNA topoisomerase II


分子量: 88247.617 Da / 分子数: 1
Fragment: DNA binding and cleavage domain (residues 419-1177)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOP2, TOR3 / プラスミド: pGAL / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: P06786, EC: 5.99.1.3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS A PRO -> LEU SEQUENCE CONFLICT AT RESIDUE 547 IN UNIPROT DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12-20% PEG 1000, 100-250 mM MgCl2, 100 mM sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 100011
2MgCl211
3sodium cacodylate11
4PEG 100012
5MgCl212
6sodium cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 49135 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.112.20.43846220.9198.4
3.11-3.232.20.32446931.06999.7
3.23-3.382.20.23547191.076100
3.38-3.562.20.16347340.989100
3.56-3.782.20.12946331.06299.6
3.78-4.072.20.08847051.084100
4.07-4.482.20.06747001.053100
4.48-5.132.20.05146890.989100
5.13-6.462.20.05247070.92799.9
6.46-502.20.02846581.07298.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å43.87 Å
Translation3 Å43.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 1BGW, 1I7D

1bgw

1i7d


解像度: 3→43.873 Å / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2380 5.09 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.231 49135 99.34 %-
all-49135 --
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.48 Å22.957 Å21.527 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→43.873 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5929 690 1 48 6668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d1.402
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 120 -
Rwork0.324 --
obs-2539 96.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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