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万見
- PDB-2rgf: RBD OF RAL GUANOSINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR (PROTEIN), NMR, 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rgf
タイトルRBD OF RAL GUANOSINE-NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR (PROTEIN), NMR, 10 STRUCTURES
要素RALGEF-RBD
キーワードRAS-BINDING DOMAIN / RALGEF / RALGDS / RAS / RBD
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase regulator activity / brush border / p38MAPK events / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RAF/MAP kinase cascade / Ras protein signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal ...Ral guanine nucleotide dissociation stimulator / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / Ras-associating (RA) domain / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ral guanine nucleotide dissociation stimulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Geyer, M. / Herrmann, C. / Wittinghofer, A. / Kalbitzer, H.R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of the Ras-binding domain of RalGEF and implications for Ras binding and signalling.
著者: Geyer, M. / Herrmann, C. / Wohlgemuth, S. / Wittinghofer, A. / Kalbitzer, H.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Differential Interaction of the Ras Family GTP-Binding Proteins H-Ras, RAP1A, and R-Ras with the Putative Effector Molecules Raf Kinase and Ral-Guanine Nucleotide Exchange Factor
著者: Herrmann, C. / Horn, G. / Spaargaren, M. / Wittinghofer, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Identification of the Guanine Nucleotide Dissociation Stimulator for Ral as a Putative Effector Molecule of R-Ras, H-Ras, K-Ras, and RAP
著者: Spaargaren, M. / Bischoff, J.R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Activated Ras Interacts with the Ral Guanine Nucleotide Dissociation Stimulator
著者: Hofer, F. / Fields, S. / Schneider, C. / Martin, G.S.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Characterization of a Guanine Nucleotide Dissociation Stimulator for a Ras-Related Gtpase
著者: Albright, C.F. / Giddings, B.W. / Liu, J. / Vito, M. / Weinberg, R.A.
履歴
登録1997年2月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RALGEF-RBD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1371
ポリマ－11,1371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 RALGEF-RBD


分子量: 11136.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUMAN RALGEF GENE (RALGDS) / プラスミド: PGEX-4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN RALGEF GENE (RALGDS) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q12967

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H
12113C
13115N HETERONUCLEAR EXPERIMENTS

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試料調製

試料状態pH: 7 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker DMXBrukerDMX8002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
AURELIA2Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzerstructure calculation
X-PLOR3.851BRUNGERstructure calculation
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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