PDB-2rfo: Crystral Structure of the nucleoporin Nic96

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rfo

タイトル

Crystral Structure of the nucleoporin Nic96

要素

Nucleoporin NIC96

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Alpha-alpha-superhelix / mRNA transport / Nuclear pore complex / Nucleus / Protein transport / Translocation / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear pore linkers / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Schrader, N. / Stelter, P. / Flemming, D. / Kunze, K. / Hurt, E. / Vetter, I.R.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis of the nic96 subcomplex organization in the nuclear pore channel.
著者: Schrader, N. / Stelter, P. / Flemming, D. / Kunze, R. / Hurt, E. / Vetter, I.R.

履歴

登録	2007年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rfo.cif.gz	252.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rfo.ent.gz	203.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rfo_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rfo_full_validation.pdf.gz	506.8 KB	表示
XML形式データ	2rfo_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	2rfo_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qx5-1 2qx5-2 2z73-d 3aym-d 5v6h-d 3ayn-d 4ww3-d 5h11-d 1vqs-d 5awe-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Nucleoporin NIC96

B: Nucleoporin NIC96

150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoporin NIC96

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoporin NIC96

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.000, 100.000, 104.000
Angle α, β, γ (deg.)	62.00, 82.00, 86.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleoporin NIC96 / Nuclear pore protein NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component 分子量: 74819.250 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-839 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NIC96 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL CodonPlus / 参照: UniProt: P34077
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nucleoporin NIC96 / Nuclear pore protein NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component

分子量: 74819.250 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 189-839 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NIC96 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL CodonPlus / 参照: UniProt: P34077

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Sagitally - horizontally focused Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 64618 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -10 / Observed criterion σ(I): -10 / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 25.64
反射シェル	解像度: 2.6→2.67 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / Num. unique all: 4694 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU B: 26.07 / SU ML: 0.26 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	3313	5.1 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.23	62199	97.75 %	-
all	-	62199	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.24 Å²	1.7 Å²	-1.09 Å²
2-	-	4.7 Å²	0.36 Å²
3-	-	-	-2.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9896	0	0	88	9984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	10070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.694	1.97	13615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.874	5	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.573	24.722	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.894	15	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.79	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.258	0.2	5283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	6993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.267	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.571	1.5	6233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.008	2	9854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.227	3	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.947	4.5	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.442	245	-
R_work	0.363	4470	-
obs	-	-	96.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9871	0.7527	3.3758	1.2953	3.1234	9.1036	-0.1357	0.365	0.3477	-0.4071	-0.2121	0.0614	-0.5597	-0.0933	0.3478	-0.0472	0.092	-0.0139	-0.0052	-0.0124	0.038	48.1653	115.365	23.9051
2	2.3701	0.7658	2.7682	1.2216	2.2621	6.3776	0.1803	0.0489	-0.2064	0.115	-0.0617	0.055	0.3834	-0.31	-0.1186	-0.074	0.0003	0.0471	-0.1018	-0.016	-0.0199	47.9614	103.2517	22.6439
3	4.5332	-0.3978	1.9857	5.6144	5.0963	7.57	0.0076	0.4268	0.464	0.0987	0.5221	-0.5427	-0.0682	0.9391	-0.5297	-0.025	-0.0235	0.0623	0.1626	-0.3303	0.0694	71.5969	130.5679	82.3346
4	9.6405	1.9964	3.5575	5.1351	1.9119	6.0291	0.1373	1.1714	0.5276	0.5784	-0.2519	-0.9657	-0.3986	1.1006	0.1146	0.3599	0.0062	-0.0141	0.4262	0.0119	0.3486	87.5735	141.5664	95.9665
5	3.8799	1.0327	0.4053	1.3448	-2.8641	8.2975	0.0723	-0.3877	0.5667	0.3541	-0.2222	-0.2032	-0.7706	0.4284	0.1499	-0.1596	-0.0863	-0.0016	-0.1645	-0.001	0.0017	26.6485	115.3818	53.4949
6	2.8735	-0.5243	2.718	2.5581	-1.6491	6.5203	0.0348	-0.3575	-0.157	0.248	-0.004	-0.626	0.3355	0.8915	-0.0308	-0.031	0.0166	0.0152	0.1198	0.0869	0.1314	33.7115	96.4954	76.5711
7	5.2	-0.0608	0.3051	3.754	-2.4524	12.0429	-0.0729	0.8295	0.0335	-0.4301	0.1296	-0.0855	0.6001	-0.1179	-0.0568	-0.1989	-0.0865	0.03	-0.0917	0.0718	-0.1403	21.7553	111.3959	36.0361
8	3.1165	-1.6007	3.552	4.5005	-4.0619	7.9274	-0.1262	-0.6387	0.018	0.1195	0.3371	0.4581	-0.0575	-0.8305	-0.2109	0.0667	0.042	0.0986	0.1759	0.1823	0.0345	8.358	131.4351	1.5963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	204 - 295	16 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	296 - 637	108 - 449
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	638 - 739	450 - 551
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	740 - 835	552 - 647
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	206 - 261	18 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	262 - 502	74 - 314
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	503 - 611	315 - 423
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	612 - 833	424 - 645

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関連情報:EMDBヘッダ

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