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- PDB-2rff: Crystal structure of a putative nucleotidyltransferase (NP_343093... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rff
タイトルCrystal structure of a putative nucleotidyltransferase (NP_343093.1) from Sulfolobus solfataricus at 1.40 A resolution
要素Putative nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NP_343093.1 / A Putative Nucleotidyltransferase / Nucleotidyltransferase domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / nucleotidyltransferase activity / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NTP_transf_2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative nucleotidyltransferase (NP_343093.1) from Sulfolobus solfataricus at 1.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2583
ポリマ－13,1331
非ポリマー1242
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.007, 29.884, 35.202
Angle α, β, γ (deg.)77.240, 73.720, 78.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleotidyltransferase


分子量: 13133.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
生物種: Sulfolobus solfataricus / 株: P2, DSM 1617, JCM 11322 / 遺伝子: NP_343093.1, SSO1673 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97XP0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NANODROP, 20.0% PEG MME2000, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→33.278 Å / Num. obs: 16758 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.274 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.4530.26110001.85854
1.45-1.513.20.22514431.62278
1.51-1.583.60.20317801.37194.3
1.58-1.663.80.17417611.30695.1
1.66-1.763.90.13417611.13896
1.76-1.93.90.10117661.10196.7
1.9-2.093.90.08117951.21296.7
2.09-2.393.90.06717991.28697.3
2.39-3.023.90.0618181.33398
3.02-33.2783.90.04618351.01799

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0040精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→33.278 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.929 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.073
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. EDO MOLECULES FROM THE CRYO SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 851 5.1 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.147 16755 90.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.191 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.83 Å20.68 Å2-0.2 Å2
2---0.48 Å2-2.13 Å2
3---3.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数990 0 8 107 1105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8071.9871387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42931852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8595140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.39523.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.8815218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.724159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0730.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1510.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4592692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2182247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0564984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5664472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5086389
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.59232069
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.7873107
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.29231755
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 31 -
Rwork0.214 674 -
all-705 -
obs--51.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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