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万見
- PDB-2rfd: Crystal structure of the complex between the EGFR kinase domain a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfd
タイトルCrystal structure of the complex between the EGFR kinase domain and a Mig6 peptide
要素
  • ERBB receptor feedback inhibitor 1
  • Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / kinase domain / inhibition / dimer / Alternative splicing / Anti-oncogene / ATP-binding / Cell cycle / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Polymorphism / Receptor / Secreted / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / Ubl conjugation / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / lung epithelium development / chondrocyte proliferation / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / skin morphogenesis ...response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / uterine epithelium development / limb joint morphogenesis / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / lung epithelium development / chondrocyte proliferation / regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of protein autophosphorylation / lung vasculature development / skin morphogenesis / bile acid biosynthetic process / tissue homeostasis / cartilage development / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / fat pad development / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / lung alveolus development / Signaling by EGFR / response to cobalamin / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein insertion into membrane / progesterone receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / : / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / GAB1 signalosome / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to cadmium ion / positive regulation of DNA repair / GRB2 events in ERBB2 signaling / embryo implantation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cholesterol metabolic process / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to dexamethasone stimulus / ossification / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / GTPase activator activity / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / neuron projection morphogenesis / positive regulation of superoxide anion generation / liver development / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of epithelial cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / protein localization to plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain ...Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / ERBB receptor feedback inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhang, X. / Pickin, K.A. / Bose, R. / Jura, N. / Cole, P.A. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Inhibition of the EGF receptor by binding of MIG6 to an activating kinase domain interface.
著者: Zhang, X. / Pickin, K.A. / Bose, R. / Jura, N. / Cole, P.A. / Kuriyan, J.
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: ERBB receptor feedback inhibitor 1
D: ERBB receptor feedback inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4305
ポリマ－79,3344
非ポリマー961
水00
1
A: Epidermal growth factor receptor
C: ERBB receptor feedback inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7633
ポリマ－39,6672
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
手法PISA
2
B: Epidermal growth factor receptor
D: ERBB receptor feedback inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6672
ポリマ－39,6672
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.964, 143.964, 237.852
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase ErbB-1


分子量: 36966.801 Da / 分子数: 2 / 断片: Protein kinase domain / 変異: K799E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB1 / プラスミド: pFASTBAC-HT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド ERBB receptor feedback inhibitor 1 / Mitogen-inducible gene 6 protein / Mig-6


分子量: 2700.071 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues, 340-364 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJM3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 200 mM Na2SO4, 100 mM Bis-Tris propane, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 17156 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 4.586 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.6-3.734.10.45414824.79888.1
3.73-3.885.90.41616805.06798.2
3.88-4.057.40.32116854.77599.4
4.05-4.278.20.23917184.85999.8
4.27-4.548.50.19317145.0399.8
4.54-4.898.50.16217174.53899.5
4.89-5.388.50.15517334.56799.5
5.38-6.158.40.14317564.76999.3
6.15-7.758.10.09717724.6999.1
7.75-507.90.03518993.15897.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GS7

2gs7


解像度: 3.6→49.01 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 798 4.5 %random
Rwork0.234 ---
obs-16460 93.8 %-
溶媒の処理Bsol: 40.673 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 54.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.926 Å2-15.293 Å20 Å2
2---2.926 Å20 Å2
3---5.853 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4740 0 5 0 4745
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8152
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1472.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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