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- PDB-2rfa: Crystal structure of the mouse TRPV6 ankyrin repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rfa
タイトルCrystal structure of the mouse TRPV6 ankyrin repeat domain
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPV6 / ankyrin reapeat / transient receptor potential / ANK repeat / Calcium channel / Calcium transport / Calmodulin-binding / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone secretion / TRP channels / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / calmodulin binding ...parathyroid hormone secretion / TRP channels / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / calmodulin binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Ankyrin repeat-containing domain / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ion transport domain / Ion transport protein / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Phelps, C.B. / Huang, R.J. / Wang, R.R. / Gaudet, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural analyses of the ankyrin repeat domain of TRPV6 and related TRPV ion channels.
著者: Phelps, C.B. / Huang, R.J. / Lishko, P.V. / Wang, R.R. / Gaudet, R.
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7081
ポリマ－25,7081
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.762, 63.045, 116.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2 / Calcium transport protein 1 / CaT1


分子量: 25707.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Ankyrin Repeat Domain (residues 44-265) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpv6 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q91WD2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M NaHEPES, 0.1M K/Na Tartrate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 25172 / % possible obs: 99.08 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1586 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 95.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→7.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.088 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 25172 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 0 0 227 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.9662437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95532889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1715233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.32724.68479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.99415311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.129158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21335
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.51458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2331.5457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24821805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2253740
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.284.5627
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 92 -
Rwork0.241 1586 -
all-1678 -
obs--95.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
129.6916-0.6272-6.424537.9335-27.488147.4547-0.1048-2.7287-1.81553.30620.14691.0742.822-0.4677-0.04210.9137-0.09570.1290.15610.09640.265432.553925.806411.7263
27.16550.2476-5.69894.3803-0.87218.5584-0.43480.7578-0.5896-0.53620.13330.36281.1708-0.60720.30150.1339-0.02730.0087-0.0405-0.01080.030232.414732.12633.1561
35.69-1.2104-0.16542.52441.04923.69980.04060.065-0.0639-0.3012-0.14740.08210.09020.06580.1068-0.09790.0023-0.0077-0.10480.0103-0.057231.000541.25896.748
42.5275-0.2209-0.56622.7010.46983.54430.0511-0.1266-0.16090.0347-0.05920.1215-0.0837-0.05160.0081-0.1332-0.0054-0.0163-0.0638-0.0112-0.031626.151947.813413.7956
518.28233.9926-0.599222.4143-9.645629.45130.2564-1.6679-1.50241.3225-0.5178-0.28011.239-0.11660.26130.0634-0.05210.02640.0320.11830.045324.031549.055830.5915
61.9969-0.5751-0.99552.06791.81864.80460.0757-0.09980.1941-0.2295-0.0720.0717-0.5441-0.0151-0.0038-0.0549-0.0164-0.0084-0.1002-0.0377-0.045425.213559.798218.0067
73.22083.5703-3.014316.0431-0.07713.99120.1733-0.3680.0246-0.24110.0714-0.905-0.35450.5553-0.2447-0.1367-0.06420.00910.003-0.11720.019730.671765.287724.0611
820.5573-3.0105-10.672624.9123.266430.92180.82492.03862.2781-2.9551-0.41581.0608-2.188-2.03-0.4090.53110.2052-0.08440.20960.09920.404316.678273.797819.1537
98.61163.5045.00674.8813.13245.45850.2056-0.18910.19930.2531-0.34930.3083-0.1003-0.18930.1436-0.0848-0.02240.05690.0536-0.13470.013621.610266.425633.3597
1025.62830.53765.147563.717-16.30365.2618-0.63120.33233.4114-0.26440.4745-0.9901-0.2313-0.9970.15670.10060.10450.0490.28590.01760.392324.969378.054531.0209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA44 - 482 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2AA49 - 777 - 35
3X-RAY DIFFRACTION3AA78 - 10736 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4AA108 - 15366 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5AA154 - 162112 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6AA163 - 204121 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7AA205 - 223163 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8AA224 - 233182 - 191
9X-RAY DIFFRACTION9AA234 - 257192 - 215
10X-RAY DIFFRACTION10AA258 - 265216 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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