PDB-2rfa: Crystal structure of the mouse TRPV6 ankyrin repeat domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rfa

タイトル

Crystal structure of the mouse TRPV6 ankyrin repeat domain

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRPV6 / ankyrin reapeat / transient receptor potential / ANK repeat / Calcium channel / Calcium transport / Calmodulin-binding / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

parathyroid hormone secretion / TRP channels / calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion homeostasis / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Phelps, C.B. / Huang, R.J. / Wang, R.R. / Gaudet, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural analyses of the ankyrin repeat domain of TRPV6 and related TRPV ion channels.
著者: Phelps, C.B. / Huang, R.J. / Lishko, P.V. / Wang, R.R. / Gaudet, R.

履歴

登録	2007年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rfa.cif.gz	62 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rfa.ent.gz	46.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r1t-d 5fid-d 4z21-d 6ya0-2 2l48-d 4jmo-d 1zsz-2 6xnw-2 4esf-1 1zsz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.762, 63.045, 116.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2 / Calcium transport protein 1 / CaT1 分子量: 25707.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Ankyrin Repeat Domain (residues 44-265) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpv6 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q91WD2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 6 / TrpV6 / Epithelial calcium channel 2 / ECaC2 / Calcium transport protein 1 / CaT1

分子量: 25707.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Ankyrin Repeat Domain (residues 44-265) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpv6 / プラスミド: pET21 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3] / 参照: UniProt: Q91WD2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M NaHEPES, 0.1M K/Na Tartrate, 5% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→8 Å / Num. obs: 25172 / % possible obs: 99.08 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 40.7 Å² / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.7→1.742 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1586 / R_sym value: 0.445 / % possible all: 95.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→7.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.088 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	1272	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.17	25172	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.587 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1722	0	0	227	1949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.966	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.955	3	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.171	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.327	24.684	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.994	15	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.129	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	342
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.194	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.176	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.082	1.5	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.233	1.5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.248	2	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	3	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.28	4.5	627

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.742 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	92	-
R_work	0.241	1586	-
all	-	1678	-
obs	-	-	95.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	29.6916	-0.6272	-6.4245	37.9335	-27.4881	47.4547	-0.1048	-2.7287	-1.8155	3.3062	0.1469	1.074	2.822	-0.4677	-0.0421	0.9137	-0.0957	0.129	0.1561	0.0964	0.2654	32.5539	25.8064	11.7263
2	7.1655	0.2476	-5.6989	4.3803	-0.8721	8.5584	-0.4348	0.7578	-0.5896	-0.5362	0.1333	0.3628	1.1708	-0.6072	0.3015	0.1339	-0.0273	0.0087	-0.0405	-0.0108	0.0302	32.4147	32.1263	3.1561
3	5.69	-1.2104	-0.1654	2.5244	1.0492	3.6998	0.0406	0.065	-0.0639	-0.3012	-0.1474	0.0821	0.0902	0.0658	0.1068	-0.0979	0.0023	-0.0077	-0.1048	0.0103	-0.0572	31.0005	41.2589	6.748
4	2.5275	-0.2209	-0.5662	2.701	0.4698	3.5443	0.0511	-0.1266	-0.1609	0.0347	-0.0592	0.1215	-0.0837	-0.0516	0.0081	-0.1332	-0.0054	-0.0163	-0.0638	-0.0112	-0.0316	26.1519	47.8134	13.7956
5	18.2823	3.9926	-0.5992	22.4143	-9.6456	29.4513	0.2564	-1.6679	-1.5024	1.3225	-0.5178	-0.2801	1.239	-0.1166	0.2613	0.0634	-0.0521	0.0264	0.032	0.1183	0.0453	24.0315	49.0558	30.5915
6	1.9969	-0.5751	-0.9955	2.0679	1.8186	4.8046	0.0757	-0.0998	0.1941	-0.2295	-0.072	0.0717	-0.5441	-0.0151	-0.0038	-0.0549	-0.0164	-0.0084	-0.1002	-0.0377	-0.0454	25.2135	59.7982	18.0067
7	3.2208	3.5703	-3.0143	16.0431	-0.077	13.9912	0.1733	-0.368	0.0246	-0.2411	0.0714	-0.905	-0.3545	0.5553	-0.2447	-0.1367	-0.0642	0.0091	0.003	-0.1172	0.0197	30.6717	65.2877	24.0611
8	20.5573	-3.0105	-10.6726	24.912	3.2664	30.9218	0.8249	2.0386	2.2781	-2.9551	-0.4158	1.0608	-2.188	-2.03	-0.409	0.5311	0.2052	-0.0844	0.2096	0.0992	0.4043	16.6782	73.7978	19.1537
9	8.6116	3.504	5.0067	4.881	3.1324	5.4585	0.2056	-0.1891	0.1993	0.2531	-0.3493	0.3083	-0.1003	-0.1893	0.1436	-0.0848	-0.0224	0.0569	0.0536	-0.1347	0.0136	21.6102	66.4256	33.3597
10	25.6283	0.5376	5.1475	63.717	-16.3036	5.2618	-0.6312	0.3323	3.4114	-0.2644	0.4745	-0.9901	-0.2313	-0.997	0.1567	0.1006	0.1045	0.049	0.2859	0.0176	0.3923	24.9693	78.0545	31.0209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	44 - 48	2 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 77	7 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	78 - 107	36 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	108 - 153	66 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	154 - 162	112 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	163 - 204	121 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	205 - 223	163 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	224 - 233	182 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	234 - 257	192 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	258 - 265	216 - 223

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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