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万見
- PDB-2rex: Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rex
タイトルCrystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase
要素
  • Plexin-B1
  • Rho-related GTP-binding protein Rho6
キーワードSIGNALING PROTEIN/LIPOPROTEIN / complex / Structural Genomics Consortium / SGC / gtpase / gnp / Plexin / effector domain / Glycoprotein / Membrane / Phosphorylation / Receptor / Secreted / Transmembrane / Cytoskeleton / GTP-binding / Lipoprotein / Methylation / Nucleotide-binding / Prenylation / SIGNALING PROTEIN-LIPOPROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / inhibitory synapse assembly / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding ...semaphorin receptor binding / negative regulation of osteoblast proliferation / semaphorin receptor complex / inhibitory synapse assembly / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / RHOD GTPase cycle / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / GTPase activating protein binding / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / RND1 GTPase cycle / ossification involved in bone maturation / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / neuron remodeling / regulation of cytoskeleton organization / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / GTPase activator activity / neuron projection morphogenesis / positive regulation of GTPase activity / actin filament organization / regulation of actin cytoskeleton organization / adherens junction / transmembrane signaling receptor activity / G alpha (12/13) signalling events / cell migration / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / signal transduction / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat ...Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Plexin-B1 / Rho-related GTP-binding protein Rho6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase.
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Shen, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2007年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-B1
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
C: Plexin-B1
D: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,66040
ポリマ－70,4874
非ポリマー1,17336
水1,35175
1
A: Plexin-B1
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,83020
ポリマ－35,2432
非ポリマー58718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
手法PISA
2
C: Plexin-B1
D: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,83020
ポリマ－35,2432
非ポリマー58718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
手法PISA
3
A: Plexin-B1
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

C: Plexin-B1
D: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,66040
ポリマ－70,4874
非ポリマー1,17336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area4850 Å2
手法PISA
4
A: Plexin-B1
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

A: Plexin-B1
B: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

C: Plexin-B1
D: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子

C: Plexin-B1
D: Rho-related GTP-binding protein Rho6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,32080
ポリマ－140,9738
非ポリマー2,34672
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1,-z1
Buried area11120 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.136, 71.653, 101.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The authors state that the relationships between chains A and B and between chains C and D of the asymmetric unit reflect the biologically relevant interface between the plexin effector domain and RND1 gtpase.

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Plexin-B1 / Semaphorin receptor SEP


分子量: 13297.139 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1743-1862 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLXNB1, KIAA0407, PLXN5, SEP / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O43157
#2: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein Rho6 / Rho family GTPase 1 / Rnd1


分子量: 21946.164 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 5-200 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RND1, RHO6 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q92730

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非ポリマー , 5種, 111分子

#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 30 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 36932 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.503 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.383.20.23132320.661184.8
2.38-2.483.40.20534860.664193.1
2.48-2.593.60.1836870.711198.1
2.59-2.733.70.15737380.786199.8
2.73-2.93.80.10637940.7381100
2.9-3.123.80.08338090.8111100
3.12-3.433.80.05937770.951199.9
3.43-3.933.80.04837861.209199.8
3.93-4.953.80.03938091.307199.9
4.95-303.60.05338146.995197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2CLS,2R2O

2cls

2r2o


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.245 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 11.089 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic B factors are residuals of TLS refinement. Programs coot, molprobity have also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 999 2.71 %Thin shells
Rwork0.215 ---
all0.216 36863 --
obs0.216 36863 97.472 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.565 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.87 Å20 Å22.92 Å2
2---2.831 Å20 Å2
3---0.585 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4279 0 98 75 4452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4482.0046081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9493.0017146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3455566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30324.25160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75215721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0821523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.22988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.40.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5951.52917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.51133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93624579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50831801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3274.51498
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35900.2312305273884.186
2.359-2.42300.2312437268690.73
2.423-2.49200.2292480260395.275
2.492-2.5670.3172270.2212251252698.1
2.567-2.6500.2152448245499.756
2.65-2.7410.2621740.2212214239299.833
2.741-2.8430.252120.21322982310100
2.843-2.95600.21222252225100
2.956-3.0850.2311670.22519572124100
3.085-3.23100.2012022202399.951
3.231-3.4010.2411270.20218291956100
3.401-3.60100.21838184399.729
3.601-3.84100.2191745175099.714
3.841-4.1360.227900.2021517160899.938
4.136-4.5110.232780.1871425150599.867
4.511-5.01200.1921375137799.855
5.012-5.7280.209540.2171165122099.918
5.728-6.8760.246350.2561032106999.813
6.876-9.1950.256200.23481884399.407
9.195-200.368150.31448356787.831
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.54830.56920.47484.45852.37884.6060.0260.31610.3174-0.4669-0.0062-0.0951-0.73670.0936-0.01980.0654-0.01480.0576-0.10030.0870.048619.6909-47.23496.9249
22.74361.0575-1.53525.0421-0.16063.10130.2623-0.10670.36460.3037-0.20330.513-0.3237-0.3247-0.059-0.1152-0.00010.0226-0.0854-0.0604-0.123.7864-62.834227.5641
34.6173-1.9355-0.42893.50440.2761.4222-0.0392-0.2648-0.67220.0956-0.03790.25210.3328-0.23630.0771-0.0753-0.0715-0.0654-0.09940.0476-0.09998.6767-21.862821.0376
42.32740.333-0.91363.8074-0.99333.39890.06770.3245-0.1831-0.5172-0.1417-0.25460.20750.02620.074-0.14340.0460.0033-0.091-0.0189-0.134524.4757-6.62410.0131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1746 - 1852
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3C1746 - 1852
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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