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- PDB-2rek: Crystal structure of tetR-family transcriptional regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rek
タイトルCrystal structure of tetR-family transcriptional regulator
要素Putative tetR-family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / tetR-family / transcriptional regulator / Sulfur / SAD / Cr / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SbtR-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SbtR-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TetR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tetR-family transcriptional regulator.
著者: Dong, A. / Xu, X. / Gu, J. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A.
履歴
登録2007年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tetR-family transcriptional regulator
B: Putative tetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8883
ポリマ－41,8292
非ポリマー591
水4,486249
1
A: Putative tetR-family transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: Putative tetR-family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8883
ポリマ－41,8292
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x+1/2,-y+3/2,-z1
Buried area2280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.484, 70.459, 72.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative tetR-family transcriptional regulator


分子量: 20914.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
生物種: Streptomyces coelicolor / 株: A3(2), M145 / 遺伝子: SCO5068 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q9ADD9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.85 %
解説: The data set collected with the Cr wavelength (2.29 A) has been used for structure solution by sulfur-SAD
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na(OAC) pH 4.6, 2.0M Na formate, 4% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20012.29
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.54
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2006年7月7日VariMax Cr
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2006年8月27日VariMax HR
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.291
21.541
反射解像度: 1.86→50.38 Å / Num. all: 30058 / Num. obs: 30058 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 1467 / Rsym value: 0.517 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARP6.1.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→50.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.893 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program COOT 0.3.3 has been also used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24506 626 2.1 %RANDOM
Rwork0.2031 ---
all0.20396 29381 --
obs0.20396 29381 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--1.55 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→50.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 4 249 2723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212510
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9463425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3485347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93222.57797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73815348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0531523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021913
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.21789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.51762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47822684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4253822
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9014.5740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 43 -
Rwork0.25 2131 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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