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万見
- PDB-2red: Crystal structures of C2ALPHA-PI3 kinase PX-domain domain indicat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2red
タイトルCrystal structures of C2ALPHA-PI3 kinase PX-domain domain indicate conformational change associated with ligand binding.
要素Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
キーワードTRANSFERASE / PX DOMAIN / PI3K / KINASE / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHOINOSITIDE / Cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus / Membrane / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular associated smooth muscle contraction / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / clathrin coat assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / membrane organization / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process ...vascular associated smooth muscle contraction / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / clathrin coat assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / membrane organization / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / clathrin-coated vesicle / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / phosphatidylinositol-mediated signaling / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / exocytosis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of autophagy / phosphatidylinositol binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / trans-Golgi network / epidermal growth factor receptor signaling pathway / endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / insulin receptor signaling pathway / cell migration / vesicle / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain ...PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / Phox-like domain / PX Domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Parkinson, G.N. / Vines, D. / Driscoll, P.C. / Djordjevic, S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of PI3K-C2alpha PX domain indicate conformational change associated with ligand binding
著者: Parkinson, G.N. / Vines, D. / Driscoll, P.C. / Djordjevic, S.
履歴
登録2007年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9287
ポリマ－14,3761
非ポリマー5536
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.554, 56.554, 92.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing alpha polypeptide / Phosphoinositide 3-Kinase-C2-alpha / PtdIns-3-kinase C2 alpha / PI3K-C2alpha


分子量: 14375.570 Da / 分子数: 1 / 断片: PX-DOMAIN, RESIDUES 1421-1532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3C2A / プラスミド: PET-21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: O00443, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 0.1M MALEIC ACID/NAOH, 10% GLYCEROL, PH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 9942 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OCS

1ocs


解像度: 2.1→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 3.886 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27417 539 5.2 %RANDOM
Rwork0.23542 ---
obs0.23763 9844 98.87 %-
all-9844 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20.22 Å20 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数935 0 36 92 1063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.022968
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.9571293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0995111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48223.04346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.5915158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.723156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1861.5580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0152901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3643440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6834.5392
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 51 -
Rwork0.228 713 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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