PDB-2re7: Crystal structure of a pyridoxamine 5'-phosphate oxidase related ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2re7

タイトル

Crystal structure of a pyridoxamine 5'-phosphate oxidase related protein (psyc_0186) from psychrobacter arcticus 273-4 at 2.50 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / General stress protein cog3871 / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

General stress protein, FMN-binding split barrel domain / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase like / : / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / General stress protein FMN-binding split barrel domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Psychrobacter arcticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of General Stress Protein COG3871 (YP_263493.1) from Psychrobacter arcticus 273-4 at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ...

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2re7.ent.gz	27.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2re7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2re7_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2re7_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	2re7_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	2re7_validation.cif.gz	8.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2re7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/2re7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ese-d 4ht4-d 1d6r-d 4zni-d 1yud-5 2lgz-d 2z33-d 1yud-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 380202

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.063, 106.063, 87.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-147- HOH

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 15088.486 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-133 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Psychrobacter arcticus (バクテリア) 株: 273-4 / 遺伝子: YP_263493.1, Psyc_0186 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q4FV99
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: NANODROP, 3.2M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95372, 0.97942

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95372	1
2	0.97942	1

反射

解像度: 2.5→28.433 Å / Num. obs: 8894 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 75.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.2

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.5-2.56	7.4	0.7	4683	636	1.046	100
2.56-2.64	7.4	0.9	4725	637	0.795	100
2.64-2.71	7.3	1.3	4449	607	0.574	100
2.71-2.8	7.4	1.6	4441	603	0.449	100
2.8-2.89	7.4	2.3	4159	565	0.317	100
2.89-2.99	7.4	2.6	4117	557	0.258	100
2.99-3.1	7.4	3.9	4000	544	0.182	100
3.1-3.23	7.3	5	3774	518	0.139	100
3.23-3.37	7.3	5.6	3615	497	0.112	100
3.37-3.54	7.3	6.4	3538	487	0.101	100
3.54-3.73	7.2	7.3	3250	449	0.084	100
3.73-3.95	7.2	7.6	3255	452	0.074	100
3.95-4.23	7	7.8	2809	399	0.071	100
4.23-4.56	7	8.1	2753	395	0.073	100
4.56-5	6.8	6.8	2392	352	0.078	100
5-5.59	7	9	2311	331	0.069	100
5.59-6.45	6.8	9.3	1964	287	0.065	100
6.45-7.91	6.8	9.4	1772	260	0.063	100
7.91-11.18	6.3	6	1248	198	0.059	100
11.18-28.433	5.7	7.5	678	120	0.066	95.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.433 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 14.7 / SU ML: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	424	4.8 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.192	8885	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.76 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.433 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1019	0	10	24	1053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.645	1.936	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	3	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.696	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.902	26.667	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.239	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.761	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	189
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.3	194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.3	630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.5	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.16	0.3	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.941	3	717
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.37	3	266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.094	5	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.367	8	440
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.797	11	367

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.471	27	-
R_work	0.401	608	-
all	-	635	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 51.1702 Å / Origin y: 22.5969 Å / Origin z: 22.1508 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0415 Å²	-0.045 Å²	0.0593 Å²	-	-0.0125 Å²	0.0116 Å²	-	-	0.0183 Å²
L	3.0044 °²	-0.9888 °²	1.5357 °²	-	6.0234 °²	-3.2598 °²	-	-	4.2878 °²
S	0.0878 Å °	-0.3171 Å °	0.256 Å °	0.7177 Å °	-0.0701 Å °	0.3111 Å °	-0.5163 Å °	-0.0612 Å °	-0.0177 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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