PDB-2rdw: Crystal Structure of Human Glycolate Oxidase in Complex with Sulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rdw

タイトル

Crystal Structure of Human Glycolate Oxidase in Complex with Sulfate

要素

Hydroxyacid oxidase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GOX / HAOX1 / glycolate oxidase / hydroxy acid oxidase / Flavoprotein / FMN / Glycolate pathway / Peroxisome

機能・相同性

機能・相同性情報

glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / glycine biosynthetic process / fatty acid alpha-oxidation / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Active Site and Loop 4 Movements within Human Glycolate Oxidase: Implications for Substrate Specificity and Drug Design.
著者: Murray, M.S. / Holmes, R.P. / Lowther, W.T.

履歴

登録	2007年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rdw.cif.gz	92.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rdw.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rdtC 2rduC 1goxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rdu-1 6gmc-1 2nzl-2 6a24-1 5zbm-2 5zzs-1 6a36-1 6gmb-1 2w0u-1 1al7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.649, 143.649, 110.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX 分子量: 42640.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES,PEG 600, Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X4A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→28.17 Å / Num. obs: 38911 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.83 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 18.9 / Scaling rejects: 2007

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.95-2.02	2.62	0.225	4.2	9581	3597	1.28	86.6
2.02-2.1	3.18	0.194	5.3	12043	3734	1.24	90
2.1-2.2	3.92	0.183	6.4	15620	3924	1.3	94.5
2.2-2.31	4.74	0.151	8.2	19256	3993	1.25	94.8
2.31-2.46	5.16	0.119	10.5	20732	3956	1.05	95
2.46-2.65	5.01	0.095	11.5	19654	3894	0.73	93.3
2.65-2.91	4.89	0.077	13.7	19371	3921	0.82	92.8
2.91-3.33	5.16	0.054	19.9	20374	3908	0.78	92.3
3.33-4.2	5.59	0.042	27.9	21953	3898	0.79	91.4
4.2-28.17	7.62	0.028	47.7	31242	4086	0.65	91.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.17 Å
Translation	2.5 Å	28.17 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.2L	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GOX

1gox

解像度: 1.95→27.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.731 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1971	5.1 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.199	38909	92.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.698 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2794	0	36	220	3050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.988	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.034	5	370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.863	23.492	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.903	15	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.143	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	1.5	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.082	2	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.964	3	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.025	4.5	1061

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	138	-
R_work	0.252	2484	-
all	-	2622	-
obs	-	-	85.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1705	-0.4013	0.5672	0.3462	-0.2738	0.6974	0.0038	-0.3364	-0.1052	0.1435	0.012	0.0743	0.1636	-0.0686	-0.0158	0.1639	0.0037	0.0305	0.0848	0.0205	-0.0412	-1.527	-20.129	26.866
2	1.469	0.0231	0.1546	0.6879	-0.014	0.8581	0.0356	-0.1846	-0.4397	0.0811	0.005	-0.0848	0.2154	0.0334	-0.0406	0.1972	0.042	-0.0252	0.0921	0.0742	0.1116	10.933	-36.885	23.609
3	5.2512	-1.2239	0.7757	5.601	0.7466	3.3345	0.0548	-0.6534	-0.3444	0.7433	0.0425	-0.8103	0.1859	0.124	-0.0973	0.2279	0.0648	-0.1006	0.2889	0.1518	0.1238	23.938	-32.798	35.81
4	1.6558	0.0648	0.1078	0.8232	0.0922	0.3596	-0.0373	0.0763	-0.1593	-0.0326	0.0359	-0.0789	0.1286	0.0893	0.0014	0.1363	0.0312	0.0086	0.0745	0.0207	-0.0138	10.865	-26.792	13.464
5	2.8699	-1.0496	1.9566	2.0488	-1.3148	3.1561	0.0262	-0.1869	-0.2945	0.0074	0.0455	0.1384	0.2494	-0.1954	-0.0717	0.1585	-0.0127	0.0716	0.0812	0.0365	0.0669	-8.707	-27.826	21.974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 60	21 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	61 - 173	78 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	174 - 204	191 - 221
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	205 - 318	222 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	319 - 362	336 - 379

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