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- PDB-2rdv: RUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS MIYAZAKI F, MONOCLINIC CRY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rdv
タイトルRUBREDOXIN FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS MIYAZAKI F, MONOCLINIC CRYSTAL FORM
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSFER / RUBREDOXIN / COMPND / ELECTRON TRANSFER PROTEIN / METALLOPROTEIN / SULFATE-REDUCING BACTERIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure determination of rubredoxin from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F in two crystal forms.
著者: Misaki, S. / Morimoto, Y. / Ogata, M. / Yagi, T. / Higuchi, Y. / Yasuoka, N.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1998
タイトル: Preliminary Crystallographic Study of Two Crystal Forms of Rubredoxin from Sulfate-Reducing Bactrium
著者: Higuchi, Y. / Sugiyama, M.S. / Morimoto, S. / Ogata, Y. / Yagi, M. / Yasuoka, T.
履歴
登録1998年10月7日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN
B: RUBREDOXIN
C: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9746
ポリマ－16,8073
非ポリマー1683
水1,54986
1
A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6582
ポリマ－5,6021
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6582
ポリマ－5,6021
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6582
ポリマ－5,6021
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.300, 44.900, 51.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.541, 0.84, 0.023), (-0.84, -0.542, 0.027), (0.036, -0.005, 0.999)8.028, 3.198, -34.31
2given(-0.502, -0.864, -0.03), (0.864, -0.503, 0.007), (-0.021, -0.022, 1)8.87, -5.096, -16.953

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN


分子量: 5602.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: IAM 12604
由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: MIYAZAKI F / 参照: UniProt: P15412
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.2 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 10 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis / 詳細: Higuchi, Y., (1998) Protein Pept.Lett., 5, 175.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein11
250 mMTris-HCl11
360-70 %satammonium sulfate11
475-80 %satammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 53316 / % possible obs: 82.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.111
反射
*PLUS
Num. obs: 9604 / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 53316

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
WEISデータ削減
FSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RDV

1rdv


解像度: 1.9→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 -5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 9604 82.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1173 0 3 86 1262
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.807
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.633
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.633

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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