PDB-2rdh: Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rdh

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal Superantigen-Like protein 11

要素

Superantigen-like protein 11

キーワード

TOXIN / OB fold / beta grasp

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chung, M.C. / Wines, B.D. / Baker, H. / Langley, R.J. / Baker, E.N. / Fraser, J.D.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of staphylococcal superantigen-like protein 11 in complex with sialyl Lewis X reveals the mechanism for cell binding and immune inhibition
著者: Chung, M.C. / Wines, B.D. / Baker, H. / Langley, R.J. / Baker, E.N. / Fraser, J.D.

履歴

登録	2007年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rdh.cif.gz	180.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rdh.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2rdh_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2rdh_full_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示
XML形式データ	2rdh_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	2rdh_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/2rdh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rdgC 1m4vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lag-2 6gfm-d 5ex0-d 3f9p-1 1c9c-d 3fbx-d 3tgy-d 6wy0-4 5ex3-d 6wyd-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Superantigen-like protein 11

B: Superantigen-like protein 11

C: Superantigen-like protein 11

D: Superantigen-like protein 11

ヘテロ分子

91.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superantigen-like protein 11

C: Superantigen-like protein 11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Superantigen-like protein 11

D: Superantigen-like protein 11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.391, 98.152, 79.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Superantigen-like protein 11 分子量: 22687.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: US6610 / 遺伝子: SSL11 / プラスミド: pET32a-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD494 / 参照: UniProt: A8E1U5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M PEG3350, 0.2M NaH2PO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30.89 Å / Num. obs: 86026 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.028
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6500 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M4V

1m4v

解像度: 1.7→30.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.834 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23878	4300	5 %	RANDOM
R_work	0.1923	-	-	-
obs	0.19461	85991	93.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.391 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6172	0	21	737	6930

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.951	8611
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.184	5	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.78	25.159	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.007	15	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.855	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	2718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	4302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.859	1.5	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2	6210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.368	3	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.686	4.5	2390

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	226	-
R_work	0.304	4328	-
obs	-	-	67.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4089	0.0955	0.0359	0.6663	-0.7647	2.4496	0.0858	-0.0036	-0.0237	-0.0138	-0.081	0.0505	0.1882	-0.013	-0.0048	-0.0808	-0.0222	0.0029	-0.053	0.0073	-0.053	8.135	0.153	3.892
2	1.22	-0.1198	1.2599	0.5019	-0.1581	2.78	0.022	0.091	-0.1144	-0.0857	0.0252	0.0467	0.0303	0.0885	-0.0472	-0.1094	0.0406	-0.0108	-0.0336	0.0178	-0.0473	-8.354	13.466	35.593
3	1.6802	0.1634	-0.6946	1.6644	-0.6173	2.5737	0.096	-0.0654	0.21	0.2227	-0.1477	-0.0334	-0.1585	0.1032	0.0517	-0.1104	-0.0289	-0.004	-0.09	0.0109	-0.0466	18.019	25.184	2.219
4	0.2265	-0.0322	-0.1423	1.0256	-0.801	1.2378	-0.0048	-0.0111	-0.001	-0.0173	-0.0039	0.1152	0.0227	0.0049	0.0087	-0.0669	-0.0218	-0.0258	-0.0081	0.0171	-0.0128	-21.029	37.552	34.153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 27	6 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 52	28 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	53 - 88	53 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	89 - 127	89 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	128 - 196	128 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 27	6 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	28 - 52	28 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	53 - 88	53 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	89 - 127	89 - 127
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	128 - 196	128 - 196
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	6 - 27	6 - 27
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	28 - 52	28 - 52
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	53 - 88	53 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	89 - 127	89 - 127
15	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	128 - 196	128 - 196
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	6 - 27	6 - 27
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	28 - 52	28 - 52
18	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	53 - 88	53 - 88
19	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	89 - 127	89 - 127
20	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	128 - 186	128 - 186

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