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- PDB-2rd2: Glutaminyl-tRNA synthetase mutant C229R with bound analog 5'-O-[N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rd2
タイトルGlutaminyl-tRNA synthetase mutant C229R with bound analog 5'-O-[N-(L-GLUTAMINYL)-SULFAMOYL]ADENOSINE
要素
  • Glutamine tRNA
  • Glutaminyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE/RNA / protein-RNA complex / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Ligase / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine-tRNA ligase / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / glutamyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamine-tRNA ligase, bacterial / Glutamine-tRNA synthetase / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain ...Glutamine-tRNA ligase, bacterial / Glutamine-tRNA synthetase / Glutamine-tRNA ligase, alpha-bundle domain superfamily / : / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 2 / Glutamyl-trna Synthetase; Domain 2 / Glutamyl-tRNA Synthetase; domain 3 / Glutamyl-tRNA Synthetase; Domain 3 / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Ribosomal Protein L25; Chain P / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[N-(L-GLUTAMINYL)-SULFAMOYL]ADENOSINE / RNA / RNA (> 10) / Glutamine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bullock, T.L. / Perona, J.J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: A rationally engineered misacylating aminoacyl-tRNA synthetase.
著者: Bullock, T.L. / Rodriguez-Hernandez, A. / Corigliano, E.M. / Perona, J.J.
#1: ジャーナル: RNA / 年: 2001
タイトル: Chemical and enzymatic synthesis of tRNAs for high-throughput crystallization.
著者: Sherlin, L.D. / Bullock, T.L. / Nissan, T.A. / Perona, J.J. / Lariviere, F.J. / Uhlenbeck, O.C. / Scaringe, S.A.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glutamine tRNA
A: Glutaminyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7855
ポリマ－88,1192
非ポリマー6673
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)237.659, 93.337, 114.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: RNA鎖 Glutamine tRNA


分子量: 24099.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: tRNA synthesized in vitro from a 100 nucleotide DNA template
#2: タンパク質 Glutaminyl-tRNA synthetase / E.C.6.1.1.18 / Glutamine--tRNA ligase / GlnRS


分子量: 64019.273 Da / 分子数: 1 / Mutation: C229R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: glnS / プラスミド: pQRSH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PlysS / 参照: UniProt: P00962, glutamine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-QSI / 5'-O-[N-(L-GLUTAMINYL)-SULFAMOYL]ADENOSINE / 5′-O-[[(L-グルタミニル)アミノ]スルホニル]-アデノシン


分子量: 474.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N8O8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2H2O11
3Ammonium Sulfate12
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.264→119.523 Å / Num. obs: 39063 / % possible obs: 71.2 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.33-2.361.80.5821.2190410620.58247.5
2.36-2.421.80.6351.1412722710.63556.6
2.42-2.491.90.5721.2489125120.57263.9
2.49-2.572.20.4811.4586426610.48169.6
2.57-2.662.30.4161.7590526200.41670.2
2.66-2.752.30.3142.2583525620.31470.8
2.75-2.852.30.262.7570424710.2671.5
2.85-2.972.40.2263.1578124220.22672.3
2.97-3.12.40.183.9564623760.1873.8
3.1-3.252.40.1375.1542622970.13775.1
3.25-3.432.40.1136534622670.11377.2
3.43-3.642.40.0828.4523222040.08279.4
3.64-3.892.40.0758.6510420950.07579.4
3.89-4.22.50.0649482819360.06479.5
4.2-4.62.60.05411.2459117830.05478.6
4.6-5.142.60.04911.4414516010.04978.3
5.14-5.942.60.04512.6358513830.04575.6
5.94-7.272.40.04115276211290.04173.7
7.27-10.292.80.0414.925749320.0477.1
10.29-119.522.70.03121.612914790.03169.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化解像度: 2.6→119.5 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1849 4.7 %
Rwork0.209 --
obs-37292 94 %
溶媒の処理Bsol: 46.059 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 50.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.499 Å20 Å20 Å2
2--5.808 Å20 Å2
3---4.691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→119.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 1570 42 136 6032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5qsi1.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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