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万見
- PDB-2rcy: Crystal structure of Plasmodium falciparum pyrroline carboxylate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rcy
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum pyrroline carboxylate reductase (MAL13P1.284) with NADP bound
要素Pyrroline carboxylate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / malaria / structural genomics / pyrroline reductase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...ProC C-terminal domain-like / ProC C-terminal domain-like fold / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pyrroline-5-carboxylate reductase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Ren, H. / Sun, X. / Khuu, C. / Hassanali, A. / Wasney, G. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Ren, H. / Sun, X. / Khuu, C. / Hassanali, A. / Wasney, G. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum pyrroline carboxylate reductase (MAL13P1.284) with NADP bound.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Ren, H. / Sun, X. / Khuu, C. / Hassanali, A. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. ...著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Ren, H. / Sun, X. / Khuu, C. / Hassanali, A. / Zhao, Y. / Kozieradzki, I. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M.
履歴
登録2007年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline carboxylate reductase
B: Pyrroline carboxylate reductase
C: Pyrroline carboxylate reductase
D: Pyrroline carboxylate reductase
E: Pyrroline carboxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,03216
ポリマ－144,0345
非ポリマー3,99811
水7,692427
1
A: Pyrroline carboxylate reductase
B: Pyrroline carboxylate reductase
C: Pyrroline carboxylate reductase
D: Pyrroline carboxylate reductase
E: Pyrroline carboxylate reductase
ヘテロ分子

A: Pyrroline carboxylate reductase
B: Pyrroline carboxylate reductase
C: Pyrroline carboxylate reductase
D: Pyrroline carboxylate reductase
E: Pyrroline carboxylate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,06532
ポリマ－288,06810
非ポリマー7,99722
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area61100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.207, 113.741, 82.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61A
71B
81C
91D
101E
111A
121B
131C
141D
151E
161A
171B
181C
191D
201E
211A
221B
231C
241D
251E
12B
22A
32D
42C
52E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNASNASN4AA4 - 274 - 27
211ASNASNASNASN4BB4 - 274 - 27
311ASNASNASNASN4CC4 - 274 - 27
411ILEILEASNASN4DD5 - 275 - 27
511LEULEUASNASN7EE7 - 277 - 27
621LEULEULYSLYS1AA34 - 4234 - 42
721LEULEULYSLYS1BB34 - 4234 - 42
821LEULEULYSLYS1CC34 - 4234 - 42
921LEULEULYSLYS1DD34 - 4234 - 42
1021LEULEULYSLYS1EE34 - 4234 - 42
1131THRTHRGLUGLU1AA44 - 5344 - 53
1231THRTHRGLUGLU1BB44 - 5344 - 53
1331THRTHRGLUGLU1CC44 - 5344 - 53
1431THRTHRGLUGLU1DD44 - 5344 - 53
1531THRTHRGLUGLU1EE44 - 5344 - 53
1641ILEILEGLYGLY4AA62 - 10462 - 104
1741ILEILEGLYGLY4BB62 - 10462 - 104
1841ILEILEGLYGLY4CC62 - 10462 - 104
1941ILEILEGLYGLY4DD62 - 10462 - 104
2041ILEILEGLYGLY4EE62 - 10462 - 104
2151VALVALSERSER4AA110 - 262110 - 262
2251VALVALSERSER4BB110 - 262110 - 262
2351VALVALSERSER4CC110 - 262110 - 262
2451VALVALSERSER4DD110 - 262110 - 262
2551VALVALSERSER4EE110 - 262110 - 262
112NAPNAPNAPNAP264BJ264
212NAPNAPNAPNAP264AG264
312NAPNAPNAPNAP264DN264
412NAPNAPNAPNAP264CL264
512NAPNAPNAPNAP264EP264

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細Decamer - five-fold ring of dimers

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要素

#1: タンパク質
Pyrroline carboxylate reductase


分子量: 28806.787 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: MAL13P1.284 / プラスミド: p15-tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q8IDC6, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG MME550, 50 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 5 mM NADP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.27 Å / Num. all: 57815 / Num. obs: 57815 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rsym value: 0.108 / Χ2: 3.221 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 3416 / Rsym value: 0.721 / Χ2: 1.076 / % possible all: 53.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 1.28 / 反射: 57316 / Reflection acentric: 55502 / Reflection centric: 1814
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-34.8620.920.920.8827762553223
4.1-6.60.880.890.8484448081363
3.3-4.10.920.833.611059410262332
2.9-3.30.740.740.741062810344284
2.5-2.90.610.60.741827117844427
2.3-2.50.540.540.5666036418185

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.831 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2849 5.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.247 56209 88.86 %-
all-56209 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9396 0 256 427 10079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9412.00813298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8851259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72726.696342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.542151708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.407157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1660.25261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2850.26946
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.090.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2261.56459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.403210030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2933850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4624.53266
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプWeight positionRms dev position (Å)
11A140TIGHT POSITIONAL0.05
12B140TIGHT POSITIONAL0.050.01
13C140TIGHT POSITIONAL0.050.01
14D140TIGHT POSITIONAL0.050.01
15E140TIGHT POSITIONAL0.05
11A1565MEDIUM POSITIONAL0.50.21
12B1565MEDIUM POSITIONAL0.50.23
13C1565MEDIUM POSITIONAL0.50.21
14D1565MEDIUM POSITIONAL0.50.2
15E1565MEDIUM POSITIONAL0.50.21
11A140TIGHT THERMAL0.50.01
12B140TIGHT THERMAL0.50.01
13C140TIGHT THERMAL0.50.02
14D140TIGHT THERMAL0.50.01
15E140TIGHT THERMAL0.50.01
11A1565MEDIUM THERMAL20.09
12B1565MEDIUM THERMAL20.08
13C1565MEDIUM THERMAL20.11
14D1565MEDIUM THERMAL20.13
15E1565MEDIUM THERMAL20.09
22A48MEDIUM POSITIONAL0.50.46
22B48MEDIUM POSITIONAL0.50.13
22D48MEDIUM POSITIONAL0.50.12
22A48MEDIUM POSITIONAL0.50.15
22B48MEDIUM POSITIONAL0.50.13
22A48MEDIUM THERMAL20.22
22B48MEDIUM THERMAL20.17
22D48MEDIUM THERMAL20.16
22A48MEDIUM THERMAL20.23
22B48MEDIUM THERMAL20.09
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 116 -
Rwork0.324 2015 -
all-2131 -
obs-3137 45.56 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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