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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rcl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Allene Oxide Synthase (AOS, cytochrome P450 74A, CYP74A) Complexed with 12R,13S-Vernolic Acid at 2.4 A resolution | ||||||
![]() | Cytochrome P450 74A | ||||||
![]() | LYASE / P450 fold / Chloroplast / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Metal-binding / Oxylipin biosynthesis / Transit peptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxylipin metabolic process / hydroperoxide dehydratase / allene oxide synthase activity / jasmonic acid biosynthetic process / response to jasmonic acid / oxylipin biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / chloroplast thylakoid / response to fungus / plastoglobule ...oxylipin metabolic process / hydroperoxide dehydratase / allene oxide synthase activity / jasmonic acid biosynthetic process / response to jasmonic acid / oxylipin biosynthetic process / epoxygenase P450 pathway / chloroplast thylakoid / response to fungus / plastoglobule / sterol metabolic process / thylakoid / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / plastid / chloroplast thylakoid membrane / defense response to fungus / monooxygenase activity / chloroplast / defense response / oxygen binding / response to wounding / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, D.S. / Nioche, P. / Raman, C.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the evolutionary paths of oxylipin biosynthetic enzymes. 著者: Lee, D.S. / Nioche, P. / Hamberg, M. / Raman, C.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rchC ![]() 2rcmC ![]() 3cliC ![]() 3dsiC ![]() 3dsjC ![]() 3dskC ![]() 2phq ![]() 2rcg ![]() 2rco ![]() 2rcp C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55766.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CYP74A, AOS / プラスミド: pcWori+ / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-T25 / ( | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG4000, Glycerol, Tris-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日 |
放射 | モノクロメーター: double miror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 42556 / Num. obs: 42556 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2PHQ ![]() 2phq 解像度: 2.41→88.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.586 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.184 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.41→88.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.41→2.473 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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