PDB-2rc5: Refined structure of FNR from Leptospira interrogans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2rc5

タイトル

Refined structure of FNR from Leptospira interrogans

要素

Ferredoxin-NADP reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leptospira interrogans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.431 Å

データ登録者

Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Polikarpov, I. / Ceccarelli, E.A.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+.
著者: Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Bernardes, A. / Neto, M.O. / Santos, M.A. / Ceccarelli, E.A. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2007年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2rc5.cif.gz	517 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2rc5.ent.gz	426.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2rc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/2rc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2rc6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vsl-1 2rc6-2 5ts9-2 4uyz-4 2rc6-3 1vsk-1 6yun-d 1vsm-1 6ru8-4 2ghi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Ferredoxin-NADP reductase

B: Ferredoxin-NADP reductase

C: Ferredoxin-NADP reductase

D: Ferredoxin-NADP reductase

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ferredoxin-NADP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ferredoxin-NADP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ferredoxin-NADP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ferredoxin-NADP reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.112, 111.832, 89.913
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ferredoxin-NADP reductase 分子量: 34967.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア) プラスミド: pEt32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EY89, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 27% PEG3350, 0.3M ammonium fluoride, 50mM Tris-HCL buffer, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.42 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.42 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→89.809 Å / Num. all: 48995 / Num. obs: 47770 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.42-2.55	2.6	0.144	2.3	16067	6299	0.144	88.5
2.55-2.71	2.8	0.108	4.3	18892	6778	0.108	99.9
2.71-2.89	2.8	0.08	6	17559	6281	0.08	99.7
2.89-3.13	2.8	0.062	10.8	16644	5907	0.062	99.6
3.13-3.42	2.8	0.052	2.7	15310	5400	0.052	99.4
3.42-3.83	2.9	0.039	16.1	13920	4874	0.039	99.2
3.83-4.42	2.9	0.034	17.4	12269	4285	0.034	98.8
4.42-5.41	2.9	0.035	17	10539	3643	0.035	98.2
5.41-7.66	2.9	0.042	14.2	8062	2766	0.042	97.5
7.66-56.25	2.9	0.033	14	4419	1537	0.033	95.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.431→44.904 Å / FOM work R set: 0.813

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	2413	5.06 %
R_work	0.225	-	-
obs	-	47690	98.47 %

溶媒の処理

B_sol: 16.443 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.23 Å² / B_iso mean: 26.43 Å² / B_iso min: 20.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.702 Å²	-0 Å²	-1.269 Å²
2-	-	0.248 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.431→44.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9477	0	248	1238	10963

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.431-2.44	0.289	283	X-RAY DIFFRACTION	91	56
2.44-2.449	0.284	474	X-RAY DIFFRACTION	91	89
2.449-2.458	0.283	501	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.458-2.467	0.277	496	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.467-2.477	0.291	510	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.477-2.487	0.268	511	X-RAY DIFFRACTION	91	93
2.487-2.497	0.268	493	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.497-2.507	0.247	482	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.507-2.517	0.262	529	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.517-2.527	0.259	470	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.527-2.537	0.271	506	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.537-2.548	0.257	494	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.548-2.559	0.272	502	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.559-2.57	0.261	506	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.57-2.581	0.264	524	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.581-2.593	0.252	493	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.593-2.604	0.281	514	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.604-2.616	0.269	502	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.616-2.628	0.266	480	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.628-2.64	0.278	521	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.64-2.653	0.248	518	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.653-2.666	0.266	480	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.666-2.679	0.276	499	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.679-2.692	0.244	526	X-RAY DIFFRACTION	91	93
2.692-2.705	0.257	526	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.705-2.719	0.254	492	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.719-2.733	0.248	486	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.733-2.748	0.267	512	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.748-2.762	0.279	479	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.762-2.777	0.26	506	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.777-2.793	0.254	500	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.793-2.809	0.256	538	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.809-2.825	0.262	483	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.825-2.841	0.235	494	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.841-2.858	0.256	501	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.858-2.875	0.241	514	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.875-2.893	0.235	499	X-RAY DIFFRACTION	91	95
2.893-2.911	0.228	509	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.911-2.929	0.233	491	X-RAY DIFFRACTION	91	94
2.929-2.948	0.259	529	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.948-2.968	0.233	472	X-RAY DIFFRACTION	91	96
2.968-2.988	0.248	522	X-RAY DIFFRACTION	91	92
2.988-3.008	0.234	484	X-RAY DIFFRACTION	91	92
3.008-3.03	0.253	493	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.03-3.051	0.232	505	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.051-3.074	0.219	518	X-RAY DIFFRACTION	91	96
3.074-3.097	0.246	506	X-RAY DIFFRACTION	91	95
3.097-3.121	0.215	506	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.121-3.145	0.233	468	X-RAY DIFFRACTION	91	95
3.145-3.171	0.22	520	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.171-3.197	0.232	503	X-RAY DIFFRACTION	91	96
3.197-3.224	0.223	503	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.224-3.252	0.231	512	X-RAY DIFFRACTION	91	96
3.252-3.281	0.201	484	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.281-3.311	0.202	511	X-RAY DIFFRACTION	91	95
3.311-3.342	0.2	504	X-RAY DIFFRACTION	91	96
3.342-3.375	0.207	504	X-RAY DIFFRACTION	91	95
3.375-3.408	0.206	520	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.408-3.444	0.205	490	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.444-3.48	0.199	495	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.48-3.518	0.173	489	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.518-3.558	0.202	495	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.558-3.6	0.193	520	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.6-3.644	0.177	479	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.644-3.69	0.192	505	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.69-3.739	0.185	494	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.739-3.79	0.189	499	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.79-3.844	0.189	500	X-RAY DIFFRACTION	91	94
3.844-3.901	0.195	503	X-RAY DIFFRACTION	91	93
3.901-3.962	0.179	481	X-RAY DIFFRACTION	91	92
3.962-4.027	0.185	499	X-RAY DIFFRACTION	91	94
4.027-4.097	0.184	501	X-RAY DIFFRACTION	91	93
4.097-4.171	0.171	500	X-RAY DIFFRACTION	91	94
4.171-4.251	0.182	484	X-RAY DIFFRACTION	91	94
4.251-4.338	0.166	531	X-RAY DIFFRACTION	91	94
4.338-4.432	0.189	488	X-RAY DIFFRACTION	91	95
4.432-4.535	0.175	496	X-RAY DIFFRACTION	91	93
4.535-4.648	0.176	517	X-RAY DIFFRACTION	91	94
4.648-4.774	0.176	481	X-RAY DIFFRACTION	91	91
4.774-4.914	0.185	490	X-RAY DIFFRACTION	91	92
4.914-5.073	0.209	495	X-RAY DIFFRACTION	91	94
5.073-5.254	0.196	492	X-RAY DIFFRACTION	91	93
5.254-5.464	0.221	513	X-RAY DIFFRACTION	91	94
5.464-5.712	0.221	504	X-RAY DIFFRACTION	91	92
5.712-6.012	0.227	499	X-RAY DIFFRACTION	91	93
6.012-6.388	0.229	496	X-RAY DIFFRACTION	91	92
6.388-6.88	0.227	494	X-RAY DIFFRACTION	91	93
6.88-7.569	0.22	500	X-RAY DIFFRACTION	91	92
7.569-8.658	0.203	483	X-RAY DIFFRACTION	91	90
8.658-10.882	0.189	505	X-RAY DIFFRACTION	91	91
10.882-44.912	0.271	451	X-RAY DIFFRACTION	91	81

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