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万見
- PDB-2rc6: Refined structure of FNR from Leptospira interrogans bound to NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rc6
タイトルRefined structure of FNR from Leptospira interrogans bound to NADP+
要素Ferredoxin-NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FNR
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. ...Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Ceccarelli, E.A. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+.
著者: Nascimento, A.S. / Catalano-Dupuy, D.L. / Bernardes, A. / Neto, M.O. / Santos, M.A. / Ceccarelli, E.A. / Polikarpov, I.
履歴
登録2007年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin-NADP reductase
B: Ferredoxin-NADP reductase
C: Ferredoxin-NADP reductase
D: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,81821
ポリマ－139,8684
非ポリマー6,95017
水4,324240
1
A: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7546
ポリマ－34,9671
非ポリマー1,7865
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6885
ポリマ－34,9671
非ポリマー1,7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6885
ポリマ－34,9671
非ポリマー1,7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Ferredoxin-NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6885
ポリマ－34,9671
非ポリマー1,7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.168, 112.251, 92.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROTYRTYRchain A and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )AA7 - 1227 - 122
12ASNASNTYRTYRchain A and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )AA125 - 314125 - 314
13FADFADNAPNAPchain A and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )AH - I415 - 416
21PROPROTYRTYRchain B and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )BB7 - 1227 - 122
22ASNASNTYRTYRchain B and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )BB125 - 314125 - 314
23FADFADNAPNAPchain B and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )BL - M415 - 416
31PROPROTYRTYRchain C and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )CC7 - 1227 - 122
32ASNASNTYRTYRchain C and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )CC125 - 314125 - 314
33FADFADNAPNAPchain C and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )CP - Q415 - 416
41PROPROTYRTYRchain D and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )DD7 - 1227 - 122
42ASNASNTYRTYRchain D and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )DD125 - 314125 - 314
43FADFADNAPNAPchain D and (resseq 7:122 or resseq 125:314 or resseq 415:416 )DT - U415 - 416

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ferredoxin-NADP reductase


分子量: 34967.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8EY89, ferredoxin-NADP+ reductase

-
非ポリマー , 5種, 257分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 27% PEG3350, 0.3M ammonium fluoride, 50mM Tris-HCL buffer, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→92.45 Å / Num. obs: 36768 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.61-2.752.50.73410.734167.4
2.75-2.922.40.4721.60.472176.9
2.92-3.122.50.2942.50.294183.8
3.12-3.372.60.1754.20.175189.2
3.37-3.692.80.126.10.12194.1
3.69-4.133.10.0927.70.092198.7
4.13-4.773.60.0749.30.0741100
4.77-5.843.90.0798.80.0791100
5.84-8.2540.0710.30.071100
8.25-112.513.80.04511.60.045199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→33.532 Å / SU ML: 0.45 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1723 4.97 %
Rwork0.2346 --
obs0.2367 34641 92.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.878 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.819 Å2-0 Å20.109 Å2
2---1.924 Å20 Å2
3---1.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→33.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9496 0 445 240 10181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77113781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7033912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041712
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
12B2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
13C2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
14D2475X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.7790.3681030.2882314241777
2.779-2.8690.3471390.2892371251081
2.869-2.9720.3151380.2762509264785
2.972-3.0910.3261340.272584271887
3.091-3.2310.331310.2612655278690
3.231-3.4010.3021390.2492720285992
3.401-3.6140.2621440.2332828297295
3.614-3.8930.2511790.2062906308599
3.893-4.2840.2371400.19129983138100
4.284-4.9020.191560.16929923148100
4.902-6.170.2421490.1930123161100
6.17-33.5340.2271710.20330293200100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25680.4649-0.04990.0835-0.17840.3843-0.0588-0.02630.12190.0511-0.0031-0.01270.0468-0.03930.05580.13710.0404-0.01120.0986-0.03340.12952.437917.18072.5038
20.3325-0.19330.10310.4196-0.50810.5078-0.0441-0.0228-0.0765-0.02170.0902-0.017-0.0344-0.0703-0.02290.1570.01130.0260.1091-0.00780.1123-30.6166-7.3061-0.2435
30.36060.21670.47760.602-0.06430.8377-0.1318-0.08320.00580.0461-0.0608-0.0326-0.0569-0.0720.11910.10010.03010.02910.12580.00170.11220.0522-0.6699-43.7223
40.5876-0.12530.15530.33110.18930.4518-0.0417-0.00460.0897-0.03180.0167-0.0701-0.0194-0.02690.01340.12140.0348-0.02070.138-0.0130.2352-33.833124.0611-46.1172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA7 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB7 - 314
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC7 - 314
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD7 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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