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- PDB-2rax: Crystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rax
タイトルCrystal structure of Borealin (20-78) bound to Survivin (1-120)
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • Borealin
キーワードCELL CYCLE / DasraB / chromosomal passender complex / IAP / BIR / Apoptosis / Cell division / Centromere / Chromosomal protein / Metal-binding / Mitosis / Nucleus / Phosphorylation / Protease inhibitor / Thiol protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


survivin complex / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center ...survivin complex / : / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / interphase microtubule organizing center / chromosome passenger complex / protein-containing complex localization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cobalt ion binding / mitotic metaphase chromosome alignment / nuclear chromosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / mitotic cytokinesis / mitotic sister chromatid segregation / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / mitotic spindle assembly / chromosome organization / spindle midzone / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / tubulin binding / positive regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / sensory perception of sound / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / small GTPase binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / protein-folding chaperone binding / Neddylation / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / microtubule / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1900 / Borealin, N-terminal / Cell division protein borealin / Borealin, C-terminal / Nbl1 / Borealin N terminal / Cell division cycle-associated protein 8 / : / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Borealin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The mitotic regulator Survivin binds as a monomer to its functional interactor Borealin.
著者: Bourhis, E. / Hymowitz, S.G. / Cochran, A.G.
履歴
登録2007年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Borealin
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
F: Borealin
X: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
Y: Borealin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3449
ポリマ－67,1486
非ポリマー1963
水00
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
B: Borealin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4483
ポリマ－22,3832
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
2
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
F: Borealin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4483
ポリマ－22,3832
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
3
X: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
Y: Borealin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4483
ポリマ－22,3832
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.521, 145.521, 217.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / Apoptosis inhibitor survivin / Apoptosis inhibitor 4


分子量: 14116.995 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC5, API4, IAP4 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 pLysS Rosetta 2 / 参照: UniProt: O15392
#2: タンパク質 Borealin / Dasra-B / hDasra-B / Cell division cycle-associated protein 8 / Pluripotent embryonic stem cell- ...Dasra-B / hDasra-B / Cell division cycle-associated protein 8 / Pluripotent embryonic stem cell-related gene 3 protein


分子量: 8265.524 Da / 分子数: 3 / 断片: N-terminal fragment, residues 20-78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDCA8, PESCRG3 / プラスミド: pET-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 pLysS Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q53HL2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.5 ul protein plus 0.5 uL well solution consisting of 0.1 M HEPES, pH 7.5; 10% (w/v) PEG 8000; 8 % (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月23日
放射モノクロメーター: Double crystal (Si111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 17601 / Num. obs: 17601 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0.008 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Survivin 1-142 (truncated to 1-120) + borealin

解像度: 3.3→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 55.308 / SU ML: 0.414 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28421 1010 6 %Thin shells
Rwork0.23625 ---
all0.239 16882 --
obs0.23896 15872 94.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.719 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 3 0 4279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.9615910
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2135513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.75324.721233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.29815792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6131527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0950.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.612.52667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.42254192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3262.51925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.03451718
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.304→3.371 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 179 -
Rwork0.298 651 -
obs-830 82.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34252.32240.62324.08181.79388.2557-0.26620.13160.0615-0.24230.41560.2185-0.062-0.2335-0.1494-0.14850.1077-0.1681-0.096-0.10080.022517.9126-52.7974-15.5462
211.0609-5.0141-4.18752.69371.88092.3438-0.1268-0.3206-0.653-0.04920.08680.38140.06170.08940.04-0.08530.2061-0.0813-0.1714-0.07110.000632.7223-51.83891.9042
38.22731.0307-4.08234.4876-0.93775.5488-0.50830.0515-1.397-0.0294-0.08030.88350.8069-0.63510.5886-0.05040.01750.0406-0.1016-0.14710.26843.0346-80.3962-11.6682
45.3656-4.1789-4.46674.1063.56373.72680.39830.2974-0.2428-0.592-0.48570.2272-0.332-0.27710.0873-0.0850.2766-0.14060.0063-0.086-0.098150.6802-58.8942-12.1981
55.1151-3.2542-4.6436.46013.11644.4241-0.22610.626-0.4404-1.39210.0334-0.4610.35170.23020.19270.4695-0.46060.14050.1286-0.0978-0.203515.0125-61.944925.2547
61.86765.3531-1.155616.2087-2.86660.9447-0.35460.15790.3119-0.86640.42440.89690.1726-0.0519-0.06980.0291-0.439-0.1288-0.01370.0355-0.0390.8588-61.098342.9303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 948 - 97
2X-RAY DIFFRACTION1AG341
3X-RAY DIFFRACTION2AA95 - 11998 - 122
4X-RAY DIFFRACTION2BB19 - 761 - 58
5X-RAY DIFFRACTION3EC5 - 948 - 97
6X-RAY DIFFRACTION3EH341
7X-RAY DIFFRACTION4EC95 - 11998 - 122
8X-RAY DIFFRACTION4FD19 - 761 - 58
9X-RAY DIFFRACTION5XE5 - 948 - 97
10X-RAY DIFFRACTION5XI341
11X-RAY DIFFRACTION6XE95 - 11998 - 122
12X-RAY DIFFRACTION6YF19 - 761 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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