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- PDB-2ra4: Crystal Structure of Human Monocyte Chemoattractant Protein 4 (MC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ra4
タイトルCrystal Structure of Human Monocyte Chemoattractant Protein 4 (MCP-4/CCL13)
要素Small-inducible cytokine A13
キーワードCYTOKINE / CCL13 / MCP-4 / CC chemokine family / chemotaxis / monocytes / Inflammatory response / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / cytoskeleton organization / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling ...CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / cytoskeleton organization / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of cell shape / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trifluoroacetic acid / C-C motif chemokine 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Barinka, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of human monocyte chemoattractant protein 4 (MCP-4/CCL13).
著者: Barinka, C. / Prahl, A. / Lubkowski, J.
履歴
登録2007年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small-inducible cytokine A13
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1859
ポリマ－17,4952
非ポリマー6907
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
手法PISA
2
A: Small-inducible cytokine A13
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,74136
ポリマ－69,9798
非ポリマー2,76228
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area26260 Å2
手法PISA
3
A: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

A: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,14216
ポリマ－34,9904
非ポリマー1,15312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area7040 Å2
手法PISA
4
B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子

B: Small-inducible cytokine A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,59820
ポリマ－34,9904
非ポリマー1,60916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area8250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.673, 74.673, 51.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-78-

SO4

21B-78-

SO4

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要素

#1: タンパク質 Small-inducible cytokine A13 / CCL13 / Monocyte chemotactic protein 4 / MCP-4 / Monocyte chemoattractant protein 4 / CK-beta-10 / NCC-1


分子量: 8747.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL13, MCP4, NCC1, SCYA13 / プラスミド: pET-11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)trxB / 参照: UniProt: Q99616
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 2 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 15683 / Num. obs: 15683 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1dok

1dok


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.106 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21581 783 5 %RANDOM
Rwork0.17974 ---
obs0.18155 14898 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 37 72 1147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9861555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5585128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.3822.88945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93815239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.215158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4941.5689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19821100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3833522
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6874.5455
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 54 -
Rwork0.233 1073 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49831.05911.29862.01820.92333.1448-0.03710.01180.01310.17790.0244-0.00230.0480.0740.0127-0.06660.0252-0.0065-0.08180.0068-0.067150.602528.144325.3157
24.89070.04642.14360.8923-0.03863.49430.08570.3958-0.1217-0.14-0.10410.17750.13850.00740.0184-0.04790.0214-0.0053-0.0339-0.0398-0.039739.930121.29124.9028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 674 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 674 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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