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- PDB-2r9r: Shaker family voltage dependent potassium channel (kv1.2-kv2.1 pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r9r
タイトルShaker family voltage dependent potassium channel (kv1.2-kv2.1 paddle chimera channel) in association with beta subunit
要素
  • Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
  • Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / POTASSIUM CHANNEL / VOLTAGE SENSOR / VOLTAGE DEPENDENT / ION CHANNEL / SHAKER / EUKARYOTIC / KV1.2 / KV2.1 / PADDLE CHIMERA CHANNEL / Ion transport / Ionic channel / NADP / Phosphorylation / Potassium transport / Transport / Voltage-gated channel / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / regulation of protein localization to cell surface / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation ...pinceau fiber / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / regulation of protein localization to cell surface / : / axon initial segment / juxtaparanode region of axon / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation / regulation of potassium ion transmembrane transport / Neutrophil degranulation / neuromuscular process / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / axon terminus / voltage-gated potassium channel complex / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / neuron projection / postsynaptic density / axon / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family ...Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB2 / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB / Potassium channel, voltage-dependent, beta subunit, KCNAB-related / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / NADP-dependent oxidoreductase domain / Helix Hairpins - #70 / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Helix Hairpins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-PGW / Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Long, S.B. / Tao, X. / Campbell, E.B. / Mackinnon, R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Atomic structure of a voltage-dependent K+ channel in a lipid membrane-like environment.
著者: Long, S.B. / Tao, X. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Mammalian Voltage-Dependent Shaker Family K+ Channel
著者: Long, S.B. / Campbell, E.B. / Mackinnon, R.
履歴
登録2007年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999sequence sequence of chain B,H has not exact UNP database match. It is a chimeric protein of rat ...sequence sequence of chain B,H has not exact UNP database match. It is a chimeric protein of rat Kv1.2 and rat Kv2.1. Please refer to the primary citation for more details.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,88231
ポリマ－192,3504
非ポリマー14,53327
水5,747319
1
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)436,23592
ポリマ－384,6998
非ポリマー51,53684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area66240 Å2
ΔGint106 kcal/mol
Surface area116100 Å2
手法PISA
2
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,29432
ポリマ－384,6998
非ポリマー6,59524
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area38250 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area114460 Å2
手法PISA
3
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)827,529124
ポリマ－769,39816
非ポリマー58,131108
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area107620 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area227430 Å2
手法PISA
4
A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

A: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,3868
ポリマ－149,4124
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
5
B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

B: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,84984
ポリマ－235,2874
非ポリマー48,56280
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
6
G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子

G: Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,3868
ポリマ－149,4124
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
7
H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子

H: Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,90824
ポリマ－235,2874
非ポリマー3,62220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)144.049, 144.049, 284.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-496-

K

21B-497-

K

31B-498-

K

41B-499-

K

51H-496-

K

61H-497-

K

71H-498-

K

81H-499-

K

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AGBH

#1: タンパク質 Voltage-gated potassium channel subunit beta-2 / K+ / channel subunit beta-2 / Kv-beta-2


分子量: 37353.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Kcnab2, Ckbeta2, Kcnb3 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P62483
#2: タンパク質 Paddle chimera voltage gated potassium channel Kv1.2-Kv2.1


分子量: 58821.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: kcna2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)

-
非ポリマー , 4種, 346分子

#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: peg 400, potassium chloride, tris buffer, EDTA, DTT, TCEP, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 112726 / Num. obs: 112726 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.47 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 9974 / Rsym value: 0.436 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2A79

2a79


解像度: 2.4→49.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 5699592.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 5319 5.1 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 112726 --
obs0.212 104891 89.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.3798 Å2 / ksol: 0.341816 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.83 Å20 Å20 Å2
2---4.83 Å20 Å2
3---9.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11159 0 336 319 11814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.951
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.681.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.11.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 395 4.8 %
Rwork0.289 7770 -
obs--70.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3nana
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5POPG_pgPOPG_pg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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