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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r85 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PurP from Pyrococcus furiosus complexed with AMP | ||||||
![]() | PurP protein PF1517 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ATP-grasp superfamily | ||||||
機能・相同性 | ![]() formate-phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide ligase / ligase activity, forming carbon-nitrogen bonds / 'de novo' IMP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and function of 5-formaminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide synthetase from Methanocaldococcus jannaschii. 著者: Zhang, Y. / White, R.H. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 172.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | biological assembly is a hexamer or a trimer from the asymmetric unit by the operations: (x,y,z), (-y,x-y,z +(1 1 0)), (-x+y,-x,z) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38348.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 664分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / #5: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.67 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% MPD, 200 mM NaCl, 100 mM Tris, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 119607 / Num. obs: 119574 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 0.957 / Net I/σ(I): 12.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2R7K 解像度: 1.7→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.446 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.484 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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